Fix bug #1656273: Inappropriate model core charges for Bader analysis

Use always a gaussian-like model function to simulate the charge of
the core electrons that is added to the pseudo charge for Bader
analysis. The previous method, based on re-scaling chlocal, could
sometimes introduce spurious local maxima in the total charge density
that confuse the Bader algorithm.

(Thanks to Seyed Mohammad Tabatabaei for reporting the issue)

Also, add a new option 'Analyze.Charge.Density.Only', with which the
program generates charge density files and computes partial atomic
charges (Hirshfeld, Voronoi, Bader) from the information in the input
density matrix, and stops.  This is useful to analyze the properties
of the charge density without a diagonalization step (just with a
pre-existing density-matrix), and with a user-selectable mesh cutoff.