Sync to end of phase-1 of Rogeli Grima's work

(Note that no changes in Rogeli's compilation and test setups or in the external
libraries have been brought in)

The main addition is a new scheduling of communications (in 'moremeshsubs').

Here are some of the one-line logs, up to commit 9151c39b0:

A new communication scheduling.
Fastest construction. We use asynchronous communications to avoid deadlocks
Added timing to InitMesh
Modified some extrae calls
Added timer to matel_init
Added timer to final_H_f_stress
Added timer to domainDecom
Added timer to dnaefs
Removed timer write from compute_dm
Added extrae for benchmarking purposes
Init x0 to 0.0 in neighb, to prevent errors