Move parameter logic from altering init conf file to the /etc/mongodb.conf
file. The mongdob service is already configured to read parameters from the
/etc/mongodb.conf file and moving the configuration options inside the
config file allows the systemd style service to start properly.

Also, as of MongoDB 2.6, the specification of master/slave flags on startup
is not allowed to be specified with the replicaset flags. This change allows
for the master/slave flag to be specified in the /etc/mongodb.conf file only
when the replica-set (peer) relation has not been established.
  
Closes-Bug: #1513094