This merge will tidy up, improve, test and document the single phase porous 
media Darcy flow model. This will sync the porous_media options model with 
all the darcy_... test cases that have appeared over the past couple of months. 
The model that used to be initiated by the porous_media option is effectively 
removed as it contained code that was never finished, consistent, tested or 
documented and was made by people that are not involved in Fluidity any more. 
It is now favoured to define the Darcy velocity absorption field via python 
diagnostics rather than a hard coded internal algorithm. Sections are added 
to the manual to explain the model equations, discretisation and necessary 
options. 

Old tests cases are removed and new ones added.