Merging ctjacobs-multiphase branch revisions (from r3452 to r3532 inclusive) into trunk. Branch queue passes all unit, short and medium tests on buildbot.

Summary of changes:
===================

- Implemented the fluid-particle drag term in Multiphase.F90. The mphase_stokes_law and mphase_tephra_settling test cases have been updated to use this new implementation, rather than a Python diagnostic Source field. An MMS test which includes this fluid-particle drag term is available in longtests/mphase_mms_p1dgp2_fpdrag, and converges at the expected order.

- Implemented a new boundary condition type, called 'flux', for control volume discretisations. Updated the mphase_tephra_settling test case to use this, which allows to flux in through the boundary at the correct rate. Also added documentation regarding this boundary condition type to the manual.

- When checking the tfield_bc_type in Field_Equations_CV.F90, we now compare against the more meaningful integer parameters BC_TYPE_WEAKDIRICHLET (=1), BC_TYPE_NEUMANN (=2), etc.

- Added the 'tephra_settling' example to the examples directory, along with some documentation (background, simulation setup, results, pretty pictures) in manual/examples.tex.

- In manual/model_equations.tex and manual/configuring_fluidity.tex: Added documentation on the multi-phase flow model equations, setting up multi-phase flow simulations, available inter-phase interaction terms, and current limitations of the model.

- Corrected typos in various places in the manual.

- Made the mphase_tephra_settling test more realistic by adding in random perturbations to the PhaseVolumeFraction influx. Also made a few minor tweaks (e.g. finish_time, timestep), and added pass_tests.

- Added a three-phase test called mphase_three_layers. This checks that our model can simulate more than one dispersed phase, allowing us to use several different particle sizes in our tephra settling simulation later on.

- Moved the mphase_tephra_settling_3d test case to the longtests directory.