environs: add AgentDir function

This will be used by the machine agent to
store its password in. I realise that the
agent directory structure is expecting an overhaul,
but this should do as a place holder in the
meantime.

We also create the machine agent's directory,
and remove a couple of spurious sudos in passing.

R=niemeyer
CC=
https://codereview.appspot.com/6655043