pdo_mysqlnd should now be called pdo_mysql and build with libmysql, too
Use
  --with-pdo-mysql         for libmysql in the default path
  --with-pdo-mysql=DIR     for libmysql in a non-defualt path
  --with-pdy-mysql=mysqlnd for mysqlnd support

After checking out please make sure to call the directory pdo_mysql when
building form within the PHP source tree