Add notes against all packages in versions file

I've gone and worked through the versions file trying to figure out what we
can and can't trivially remove. Good news: Lots is trivial to remove. Bad 
news: There are a number of packages with custom changes or where the versions
aren't very close (eg using a deprecated library).

I've not tested any of these stated removals, they should really say 'remove'
not 'removed'