Fix MBug#484120 and MBug#484127.

Fix that a SIGHUP somehow generated during install would abort the
mysql_upgrade process, causing upgrade to only complete on next server restart.

Fix that errors in other --bootstrap commands were silently ignored
due to pipe to \$ERR_LOGGER.

Do bootstrap with Innodb and PBXT disabled to be more robust against
bad config file.

Remove old cruft that tried to modify the mysql.user table; it is
redundant as this is done by mysql_upgrade, and in any case it did not
work due to syntax errors and duplicate column errors!