Merge work from ufc-geometry branch:

- Use new ufc_geometry.h
- Merge uflacs branch
- Remove and clean up some code snippets (more to be done)

    Anders Logg 2013-03-04 Update references
    Anders Logg 2013-03-04 [merge] merge
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 Minor refactoring in spatial coordinate handler in qudrature transformer.
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 Allow selective benchmarking of listed .ufl files, add HyperElasticity.ufl to bench/. Code for hyperelasticity generated by uflacs...
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 Update references: Some elements, only whitespace changes, and AdaptivePoisson, because of the added -e option (dolfin demo works).
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 Remove tabulate_tensor_quadrature snippets.
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 Add option for printing timing of all executed commands in test.py.
    Martin Sandve Alnaes 2013-03-04 remove uflacs_status.txt, using launchpad to track status.
    Anders Logg 2013-03-04 Bug fix in code snippet for 1D ip coords
    Anders Logg 2013-03-04 Bug fix in codesnippet for circumradius of 3D triangle
    Anders Logg 2013-03-01 Bug fix in codesnippet for 2D circumradius
    Anders Logg 2013-02-28 More fixes for flattening of arrays in codesnippets
    Anders Logg 2013-02-28 [merge] merge
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 add file with overview of status of uflacs mode regression test results
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 [merge] work on uflacs repr
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Fixes in uflacs mode, adding includes and using statements.
    Anders Logg 2013-02-28 Remove some linebreaks in codesnippets.py. Note that because remove_unused
    Anders Logg 2013-02-28 [merge] merge
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Remove lines for handling arguments with count -1,-2, this never happens.
    Anders Logg 2013-02-28 [merge] merge
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Bugfix: Setting access properly again after refactoring in _create_function_name.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Minor fix in name handling in error control.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Fix bug in generated main files for tests, introduced in previous commit.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Change AdaptivePoisson.ufl to match the one in dolfin, with additional boundary term.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-28 Add -e flag when compiling AdaptivePoisson.ufl in regression test.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-27 Make test flag --ext_uflacs use uflacs exclusively for now to get fast iteration times while getting tests running.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-27 Enable (optional) uflacs mode in regression tests, and add --permissive flag to disable -Werror.
    Anders Logg 2013-02-28 Remove some debugging
    Anders Logg 2013-02-27 Bug fixes in code snippets for circumradius
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-27 Disable eliminate zeros for uflacs representation, as it doesn't work with the current uflacs code.
    Anders Logg 2013-02-26 [merge] merge
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-26 Update MixedPoisson.h reference header, refactoring uncovered a minor logic improvement allowing another r->0 simplification.
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-26 Refactoring in QuadratureTransformerBase._create_function_name().
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-25 Minor refactoring of function data caching.
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-25 Minor edits, comments.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-25 Add space dimensions for coefficients to uflacs ir.
    Anders Logg 2013-02-26 Fixes to get unit tests running again. All tests pass now.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-20 [merge] Merge uflacs representation into ufc-geometry branch.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-15 Disable test printing.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-15 Insert basis function value tables in uflacs generated code.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-15 Generalise gen_psi_name to vertex properly, making "entitytype"
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-14 Add printing code for understanding psi_tables in uflacs representation code.
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-14 Add todo comment.
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-14 Fix in _generate_psi_name docstring.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-14 Implement generation of quadrature rule (for a single rule per integral) and argument space dimensions.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-14 Simplify prim_idims building code at bit.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Minor edit in quadraturerepresentation, copied some lines into uflacsrepresentation.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Split uflacsrepresentation into three files as the other modes.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Refactor _tabulate_psi_table a bit.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Using cellname_to_entities instead of entities_per_dim or cellname2num_{facets,vertices}.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Some further refactoring, extracting optimization parameter parsing and transformation of integrals as functions.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Make new subfunctions "protected" with _ like other functions in file.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-13 Some refactoring in quadrature representation code.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-12 Clean up uflacs representation calls.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-11 Add calls to uflacs module from uflacs mode.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-11 Add new uflacs representation mode generating empty tabulate_tensor bodies, and did some minor refactoring of related code.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-20 Update references, since all regression tests of computed output pass.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-20 Allow passing the name of one or more .ufl files as arguments to test.py, for fast retesting of a single failing case.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-20 Bugfix: Dimension keys in map_onto_physical were messed up.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-20 Bugfix in evaluatedof: switched ordering of tdim and gdim was not applied here.
    Martin Sandve Alnæs 2013-02-19 Bugfix: jacobi dimensions in tensorgenerator.py. Also had to introduce a small hack to transpose the dimensions of J vs K.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-19 Bugfix: jacobi dimensions in quadrature generation.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-19 Improvements in json regression framework.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-19 Bugfix: Jacobian dimensions in evaluatebasis{,derivatives}.py...
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Bugfix: interpolate vertex values also had the jacobi dimension error.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Set fixed floatfield in json printer, might fix buildbot diff.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Fix test.py failure when handling json interpretation failure.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Allow running recdiff.py on two json files to show diff.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Bugfix: dimensions in jacobians were wrong in evaluatedof.py.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Bugfix: triangle jacobi computed for tetrahedron.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Fix semi-random vertex_coordinates to match old ones for gdim != 3 as well.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 Wrap json string evaluation in try-except.
    Martin Sandve Alnaes 2013-02-18 [merge] Merge ufc-geometry branch into new trunk with json test framework.
    Anders Logg 2013-02-13 More work on getting regression tests up and running again. All test cases
    Anders Logg 2013-02-12 Fix restriction handling in interior facet integral code snippet
    Anders Logg 2013-02-11 Work on getting regression tests running. Much better now but still
    Anders Logg 2013-02-09 More fixes to get code to compile
    Anders Logg 2013-02-07 Bug fix for renamed format string
    Anders Logg 2013-02-07 Bug fixes in codesnippets. Note that remove_unused does not handle
    Anders Logg 2013-02-06 Bug fix in writing compile command in unit test for evaluate basis
    Anders Logg 2013-02-06 Minor fixes after merge
    Anders Logg 2013-02-06 [merge] Merge with trunk
    Anders Logg 2013-02-06 Updates for new UFC interface (vertex_coordinates) and add possibility
    Anders Logg 2013-01-28 Much work on new code generation relying on ufc utility functions.
    Anders Logg 2013-01-24 Rework code generation to call UFC geometry utility functions