Fixed duplicate image layer ids returned by docker store.

This issue is exposed by pulling the 'mesosphere/inky' docker
image using registry puller. Due to the duplicate layer id
from the manifest, there are duplicate layer pathes passed
to the backend. The aufs backend cannot handle this case and
returns 'invalid arguments' error. Ideally, we should make
sure that layer paths that are passed to the backend are
unique.

Review: https://reviews.apache.org/r/54215/