Fixed reading/writing to siesta.nc basis file

1. Updated basis_io to *not* write empty stuff in the *.ion.nc files
   for floating orbitals.
   Prior to this commit the *ion.nc files contained vna, chlocal and
   reduced_vlocal arrays which were always 0!
   Now they are not written to the files since they are not used for
   floating orbitals.

2. The CDF.Save was buggy when doing User.Basis t since reduced_vlocal
   was not read in (reduced_vlocal is not contained in *ion files.
   So now ncdf_siesta checks whether the radial functions are present,
   and if so, then they will be written.

I have checked a basis calculation with 2 atoms, one ghost, the other not.
Then did 1) full calculation, 2) User.Basis calculation, 3) User.Basis.NetCDF
calculation. All 3 are the same.

This fixes lp:1810279.