~nickpapior/siesta/trunk-kovalp

• Changes
• Files

~nickpapior/siesta/trunk-kovalp » Changes to Tests/h2o_coop from revision 588

From Revision 588

expand all

collapse all

Rev		Summary	Authors	Date	Diff	Files
368		Incorporation of BSC code: mesh optimization; parallel fdf l... Incorporation of BSC code: mesh optimization; parallel fdf library * The ongoing collaboration with the Barcelona Supercomputer Center (through the department of Computer Applications in Science and Engineering) has resulted in two new main enhancements: - New code to improve the load-balance among processors in the operations carried out in the real-space mesh (involved in the computation of charge density, exchange-correlation potential, and matrix elements of the hamiltonian, among others). Since the different operations have different work-load patterns, it has been necessary to define and handle three separate data distributions, with appropriately optimized communication patterns. Most of the new code is contained in new specialized modules, and there are calls for data distribution handling in higher-level modules, notably dhscf. An overview of the rationale and implementation of the new functionality can be found in An efficient implementation of a QM-MM method in SIESTA, C. F. Sanz-Navarro, R. Grima, A. Garcia, E. A. Bea, A. Soba, J.M. Cela, and P. Ordejon,  Theoretical Chemistry Accounts. Online pub Sep 2010.  DOI: 10.1007/s00214-010-0816-5 We are working on a set of developer-oriented notes to facilitate future enhancements. - A new fdf library which avoids the 'master node bottleneck': each MPI processor now holds a copy of the relevant information, and can satisfy fdf queries without the need for interprocess communication or file access. The most noticeable change is in the processing of fdf blocks. The previous version of the library provided a Fortran unit number from which the user code could read the block contents. Now the user is given an abstract handle with which to perform explicitly the operations of reading lines, parse, and extract useful information. This paradigm was already present as a wrapper in previous versions of Siesta, but it is now mandatory. The two new developments, while formally independent, have been merged at the same time due to historical and logistical reasons. Even though the mesh enhancements affect directly only a relatively small number of files, many others have been modified: some by changes in memory allocation syntax and indentation, and some to clarify code patterns or interfaces (see below). The new treatment of fdf blocks and the removal of the explicit broadcast step in some existing fdf calls has meant changes to many other files. In all, this patch affects several dozen files in the Siesta distribution. * Other significant changes - The interface to the spherical-harmonics module in matel has been changed to avoid the creation of temporary arrays at run time. Also, some internal arrays in the spherical-harmonics module are now pre-allocated to avoid overhead. - Throughout the code most 'allocatable' arrays have been turned into pointers, to be able to exploit the functionality in the alloc module to resize them concisely. It can be argued that we have gone too far in some cases. We have invested a lot of effort in this work, but it is very likely that some issues have escaped us. A list of those known at this time can be found in the file Docs/KNOWN.ISSUES.BSC-patch removed:   Src/FoX/arch.make   Src/doping.F   Src/fdf/fdf.f   Src/fdf/fdf.h   Src/fdf/fdf_mod.f   Src/fdf/fdfdefs.h   Src/fdf/io_for_fdf_tests.f   Src/fdf/io_sample.f   Src/fdf/parse.f   Src/fdf/sample.f   Src/m_efield.F   Tests/bsc-compare.sh   Tests/std-compare.sh   Util/Denchar/Src/fdf/.dummy_dir   Util/Gen-basis/fdf/.dummy_directory   Util/TBTrans/Libs/   Util/TBTrans/Libs/.dummy_directory   Util/TBTrans/MPI/   Util/TBTrans/MPI/.dummy_dir   Util/TBTrans/fdf/   Util/VCA/fdf/.dummy_directory   Util/Vibra/Src/fdf/.dummy_directory added:   .bzrignore   Docs/BSC.CHANGES   Docs/KNOWN.ISSUES.BSC-patch   Src/FoX/arch.make   Src/Libs/dgetrs_lapack.f   Src/Libs/dspev_lapack.f   Src/Sys/altix-32b-par.make   Src/Sys/altix-32b-ser.make   Src/Sys/atto-pgf95-openmpi.make   Src/Sys/finisterrae.make.moved   Src/Sys/g95-macosx-netcdf.make   Src/Sys/gfortran-macosx-netcdf.make   Src/Sys/intel-mpi-checks-metis.make   Src/Sys/intel10-openmpi.make   Src/Sys/intel11-openmpi.make   Src/Sys/macosx-openmpi.make   Src/Sys/marenostrum-lanczos.make   Src/Sys/marenostrum-mpi-metis-64.make   Src/Sys/mn-32b-par.make   Src/Sys/mn-32b-ser.make   Src/Sys/mn-openmp.make   Src/Sys/nano-intel10-mvapich.make   Src/Sys/pgf95-pgimpi.make   Src/Sys/rogeli-intel-par.make   Src/bsc_cellxc.F   Src/bsc_xcmod.F   Src/cellxc_mod.F   Src/debugmpi.F   Src/doping_uniform.F   Src/fdf.Standard   Src/fdf/XY.fdf   Src/fdf/arch.make   Src/fdf/fdf.F90   Src/fdf/hostfile   Src/fdf/io_fdf.F90   Src/fdf/iso_fortran_env.F90   Src/fdf/parse.F90   Src/fdf/prec.F90   Src/fdf/sample.F90   Src/fdf/submit.sh   Src/fdf/tags   Src/fdf/utils.F90   Src/final_H_f_stress.F   Src/m_diagon.F   Src/m_dscfcomm.F   Src/m_efield.F   Src/mesh.F   Src/meshcomm.F   Src/meshphi.F   Src/moremeshsubs.F   Src/qsort.F   Src/schecomm.F   Src/setup_H0.F   Src/walltime.c   Src/xc.f   Tests/mgc-force/   Tests/mgc-force/makefile   Tests/mgc-force/mgc-force.fdf   Tests/mgc-force/mgc-force.pseudos   Util/Denchar/Src/timer_local.f renamed:   Src/atom.f => Src/atom.F   Src/forhar.f => Src/forhar.F   Src/hsparse.f => Src/hsparse.F   Src/meshmatrix.F => Src/meshdscf.F   Src/parallelsubs.f => Src/parallelsubs.F   Src/rhooda.f => Src/rhooda.F   Src/rhoofd.f => Src/rhoofd.F   Src/sparse_matrices.F90 => Src/sparse_matrices.F   Src/timer.f90 => Src/timer.F90   Src/vmat.f => Src/vmat.F modified:   Docs/siesta.ind   Docs/siesta.tex   Src/MPI/generate.sh   Src/MPI/mpi.F   Src/MPI/mpi__include.f90   Src/Makefile   Src/SiestaXC/lib-makefile   Src/SiestaXC/makefile   Src/Sys/finisterrae.make   Src/Sys/gfortran-netcdf.make   Src/Sys/marenostrum-mpi-32.make   Src/Sys/nano-intel-mpi-cdf.make   Src/Sys/nano-intel-mpi.make   Src/alloc.F90   Src/arw.f   Src/atm_transfer.f   Src/atm_types.f   Src/atmfuncs.f   Src/atomlist.f   Src/atomlwf.F   Src/bands.F   Src/basis_io.F   Src/basis_specs.f   Src/basis_types.f   Src/bonds.f   Src/born_charge.F   Src/broadcast_basis.F   Src/broyden_optim.F   Src/cdiag.F   Src/cell_broyden_optim.F   Src/cell_fire_optim.F   Src/cgvc.F   Src/cgvc_zmatrix.F   Src/cgwf.F   Src/chemical.f   Src/chempot.F   Src/compute_dm.F   Src/conjgr.f   Src/constr.f   Src/coor.F   Src/denmat.F   Src/denmatlomem.F   Src/densematrix.f   Src/detover.F   Src/dfscf.f   Src/dhscf.F   Src/diag2g.F   Src/diag2k.F   Src/diagg.F   Src/diagk.F   Src/diagk_file.F   Src/diagkp.F   Src/diagon.F   Src/diagpol.f   Src/diagsprl.F   Src/dipole.F   Src/dnaefs.f   Src/dynamics.f   Src/egandd.F   Src/eggbox.F   Src/electrostatic.f   Src/ener3.F   Src/ener3lomem.F   Src/fdf/Otherfile   Src/fdf/README   Src/fdf/coords.fdf   Src/fdf/fdf.Standard   Src/fdf/makefile   Src/fdf/sample.fdf   Src/fermid.F   Src/fft.F   Src/find_kgrid.F   Src/fire_optim.F   Src/fixed.F   Src/get_target_stress.f   Src/globalise.F   Src/gradient.F   Src/gradientlomem.F   Src/grdsam.F   Src/initatom.f   Src/initparallel.F   Src/iocg.f   Src/iodm.F   Src/iodm_netcdf.F90   Src/iodmhs_netcdf.F90   Src/ioeig.f   Src/iofa.f   Src/iogrid_netcdf.F90   Src/iokp.f   Src/iolwf.F   Src/iomd.f   Src/iopipes.F90   Src/ioxv.F   Src/iozm.F   Src/kgrid.F   Src/kgridinit.F   Src/kinefsm.f   Src/kpoint_grid.F90   Src/kpoint_pdos.F90   Src/ksv.f   Src/ksvinit.F   Src/linpack.F   Src/listsc.f   Src/local_DOS.F   Src/m_broyden_mixing.f   Src/m_fire_mixing.f   Src/m_history.f90   Src/m_iodm.F   Src/m_iorho.F   Src/m_iostruct.f   Src/m_memory.F   Src/m_mpi_utils.F   Src/m_pulay.F90   Src/m_sparse.F   Src/m_spin.F90   Src/m_ts_in_siesta.F   Src/m_ts_kpoints.F90   Src/m_ts_options.F90   Src/matel.f   Src/memory.F   Src/memoryinfo.F   Src/meshsubs.F   Src/metaforce.F   Src/mixer.F   Src/mneighb.f   Src/molecularmechanics.F90   Src/moreParallelSubs.F90   Src/mulliken.F   Src/naefs.f   Src/new_dm.F   Src/nlefsm.f   Src/normalize_dm.F   Src/obc.f   Src/old_atmfuncs.f   Src/optical.F   Src/ordern.F   Src/outcoor.f   Src/overfsm.f   Src/overlap.f   Src/pdos.F   Src/pdosg.F   Src/pdosk.F   Src/pdoskp.F   Src/phirphi.f   Src/phirphi_opt.f   Src/phonon.F   Src/pixmol.f   Src/plcharge.F   Src/poison.F   Src/post_scf_work.F   Src/precision.F   Src/projected_DOS.F   Src/proximity_check.F   Src/pseudopotential.f   Src/pxf.F90   Src/radfft.f   Src/radial.f   Src/rdiag.F   Src/read_xc_info.F   Src/readsp.F   Src/redcel.F   Src/reinit.F   Src/reoptical.F   Src/reord.f   Src/rhoofdsp.f   Src/savepsi.F   Src/scfconvergence_test.F   Src/setatomnodes.F   Src/setspatial.f   Src/setup_hamiltonian.F   Src/setup_kscell.F   Src/shaper.f   Src/show_distribution.f   Src/siesta.F   Src/siesta_analysis.F   Src/siesta_end.F   Src/siesta_forces.F   Src/siesta_init.F   Src/siesta_move.F   Src/siesta_options.F90   Src/sorting.f   Src/spher_harm.f   Src/state_analysis.F   Src/state_init.F   Src/struct_init.F   Src/vmatsp.f   Src/vmb.F   Src/write_md_record.F   Src/write_subs.F   Src/writewave.F   Src/wxml/m_wxml_array_str.f90   Src/wxml/m_wxml_buffer.f90   Src/wxml/m_wxml_core.f90   Src/wxml/m_wxml_dictionary.f90   Src/wxml/m_wxml_elstack.f90   Src/zm_broyden_optim.F   Src/zm_fire_optim.F   Src/zmatrix.F   Tests/Makefile   Util/Contrib/APostnikov/Makefile   Util/Denchar/Src/Makefile   Util/Denchar/Src/atompla.f   Util/Denchar/Src/denchar.f   Util/Denchar/Src/local_reinit.f   Util/Denchar/Src/readpla.f   Util/Denchar/Src/readsts.f   Util/Gen-basis/Makefile   Util/Gen-basis/gen-basis.F   Util/HSX/iohs.F   Util/Helpers/Makefile   Util/Optimizer/Makefile   Util/TBTrans/Makefile   Util/TBTrans/green4.F   Util/TBTrans/m_tbt_gf.F90   Util/TBTrans/m_tbt_options.F90   Util/TBTrans/mkqgrid.f   Util/TBTrans/reinit_tb.F   Util/TBTrans/tbtrans.F   Util/VCA/Makefile   Util/Vibra/Src/Makefile   Util/Vibra/Src/fcbuild.f   Util/Vibra/Src/klines.f   Util/Vibra/Src/recoor.f   Util/Vibra/Src/vibrator.f   version.info   Src/atom.F   Src/forhar.F   Src/hsparse.F   Src/meshdscf.F   Src/parallelsubs.F   Src/rhooda.F   Src/rhoofd.F   Src/sparse_matrices.F   Src/timer.F90   Src/vmat.F	Alberto Garcia	13 years ago
231		Merged COOP/COHP functionality Merged COOP/COHP functionality Merged the COOP/COHP/PDOS code from the 2.1 branch complex. ��-- Functionality changes: * The wavefunction file is now in WFSX format (well-packed, single-precision, and thus significantly smaller). The Util/wfsx2wfs program can be used to re-generate the old format. * The xijo array (for relative positions between interacting orbitals) is always produced. -- New features: Option COOP.Write triggers the creation of a wavefunction file (for the SCF-k-point set) and an HSX file (enhanced HS format) that can later be processed by Util/COOP/mprop for the off-line generation of COOP/COHP/(P)DOS. (replayed patch-1 of outlier branch ref-2.4)	Alberto Garcia	16 years ago

Loggerhead is a web-based interface for Breezy
Version: 2.0.1