~nvervelle/jmol/old-trunk

Viewing all changes in revision 15108.

  • Committer: hansonr
  • Date: 2015-07-09 04:37:42 UTC
  • Revision ID: svn-v4:62be27d7-c70d-0410-b753-bb59b6ba1b27:trunk/Jmol:20646
Jmol.___JmolVersion="14.3.15_2015.07.08c"

bug fix: load files "xxx.png|xxxx" "xxx.png|zzzz"  not read from state properly
bug fix: polyhedra not saved in state property
bug fix: moving atoms with 4x4 matrix not saved in state
bug fix: moving of an atom having a polyhedron fails to move the polyhedron as well


new feature: smiles2.find("SMILES",smiles1, asMap, allMappings)
  -- asMap = TRUE (default false) indicates you want an atom 
     correlation map indicating positions in smiles2 corresponding to smiles1 
  -- allMappings = TRUE (default false) indicates you want 
     all mappings, not just the first found 
  -- returns a number, -1, 0, n>0 when asMap is false (allMappings ignored)
  -- returns int[] when allMappings is false
  -- returns int[][] when allMappings is true  
  -- example:
    var s1 = atom1.polyhedron.getProperty("SMILES")
    var coords = atom2.polyhedron.getProperty("vertices")
    var s2 = atom2.polyhedron.getProperty("SMILES")
    var coords2 = atom2.polyhedron.getProperty("vertices")
    var map12 = s2.find("SMILES", s1, true, false)
    var coords2Mapped = []
    for (var i in map12) coords2Mapped.push(coords2[i + 1]) 
    coords2 = coords2Mapped
    var mat = compare(coords1, coords2)
    select {1.1}
    rotateselected @mat
    

expand all expand all

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context: