~nvervelle/jmol/trunk

Viewing all changes in revision 16026.

  • Committer: hansonr
  • Date: 2018-01-15 00:54:29 UTC
  • Revision ID: svn-v4:62be27d7-c70d-0410-b753-bb59b6ba1b27:trunk/Jmol:21797
Jmol.___JmolVersion="14.28.1"

new feature: WRITE CONTACT xxx.jvxl
 - saves a JVXL file for a contact
 - reload using ISOSURFACE xxx.jvxl, not CONTACT
 
new feature: write contact "cache://t.jvxl"
 - saves a contact as a jvxl file in the cache

new feature: isosurface "cache://t.jvxl"
 - loads an isosurface from a cached JVXL file

new feature: generalized use of cache://
 - cache:// saves or retrieves files from the FileManager cache
 - cleared upon ZAP
 - for example, the following transfers a contact to an isosurface for saving to a PNGJ file
    
    load =1eve
        zoom {e20:a} 0
        contact {e20:A} hbond
        write contact cache://t.jvxl
        isosurface cache://t.jvxl
        contact delete
        write t3.png as PNGJ
        

new feature: isosurface reads EBI density server files (BinaryCIF and CIF)
 -- for example:
   isosurface "https://www.ebi.ac.uk/pdbe/densities/x-ray/1eve/box/-3.434,55.646996,59.195/7.479,70.943,74.928?space=cartesian&encoding=bcif"
   isosurface "https://www.ebi.ac.uk/pdbe/densities/x-ray/1eve/box/-3.434,55.646996,59.195/7.479,70.943,74.928?space=cartesian&encoding=cif"
  
new feature: Jmol automatically uses EBI density server BinaryCIF files when "within" keyword is used.
 -- for example:
 
   load =1eve
   display e20
   zoom {displayed} 0
   isosurface within 4 {e20:A} "=1eve"

 -- allows testing of non-binary CIF electron density files using .cif:
  
   isosurface within 4 {e20:A} "=1eve.cif"
   
bug fix: loading, modifying, and resaving a PNGJ file fails in Java
bug fix: JavaScript JSmol improperly saves a PNGJ file within a PNGJ file

expand all expand all

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context: