WinSCP on tarkoitettu asiakasohjelmaksi tiedostojen siirtoon SCP-, SFTP-, FTPS- ja FTP-protokollilla paikallisen tietokoneen ja etätietokoneen, esimerkiksi www-palvelimen, välillä.
WinSCP soveltuu esimerkiksi HTML-kotisivujen, kuvien tai muiden tiedostojen siirtämiseen kotikoneelta omaan julkiseen Internet-kotihakemistoon, oman Internet-palveluntarjoajan web-palvelimelle.
Graafisena ikkunoituna ohjelmana WinSCP on helppo käyttää. Ohjelman käyttöliittymän voi valita kahdesta vaihtoehdosta. Commander-käyttöliittymä on toteutettu muun muassa Norton Commanderista ja Total Commanderista tuttuun tyyliin kahdella sarakkeella, joista toinen esittää paikallisen koneen ja toinen etäkoneen tiedostojärjestelmän. Tiedostojen siirto tapahtuu näiden kansioiden välillä. Toinen vaihtoehto on Explorer-käyttöliittymä, joka muistuttaa Windowsin Explorer-tiedostonhallintaa. Tässä tilassa ikkuna sisältää vain näkymän etäkoneen kansioon. Tiedostoja voi siirrellä leikkaamalla ja liimaamalla tämän ikkunan ja Windowsin tavallisen tiedostohallinnan välillä.
WinSCP:stä löytyvät toiminnot kansioiden synkronointiin koneiden välillä. On myös mahdollisuus tiedosto-operaatioiden skriptaamiseen eräajona tapahtuvia siirtoja varten. Ohjelma tukee avainten käyttöä SSH-yhteyksien muodostamisessa.