Using autopep8 (https://github.com/hhatto/autopep8) on all py files.
Some lines were changed manually (those which may change the logic).

Have not fixed E501 line too longs, these are the only pep8 failures.

Check current pep8 compliance of all py files in current directory:
for f in *.py; do pep8 $f; done

Run autopep8 on py files in current directory:
for f in *.py; do autopep8 -i $f; done