Changed the logic of TDED and MD time steps.

* MD time step is now TDED time step multiplied by number of TDED steps.
* Wavefunctions can be saved, optionally, at the end of a simulation.
* Updated the manual to reflect above changes.

modified:

  Docs/siesta.tex
  Src/dynamics.f
  Src/m_initwf.F90
  Src/read_options.F90
  Src/siesta_options.F90
  Src/siesta_tddft.F90