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#include <algorithm>
#include <cctype>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include "atom.h"
#include "stdio.h"
#include "pdbio.h"
using namespace std;
namespace PTools{
std::string strip( std::string const& str, char const* sepSet ) {
std::string::size_type const first = str.find_first_not_of(sepSet);
return ( first==std::string::npos )
? std::string()
: str.substr(first, str.find_last_not_of(sepSet)-first+1);
}
bool isAtom(const std::string & line ) {
//cout << ligne.size()<< endl ;
if (line.size()<10 ) return false;
if (line.substr(0,6)==(std::string) "ATOM " ) return true ;
return false;
}
bool isHeteroAtom(const std::string& line) {
if (line.size()<10) return false;
if (line.substr(0,6) == "HETATM") return true;
return false;
}
std::string readatomtype(const std::string &ligne) {
std::string type="" ;
int i=12 ;
while (ligne[i]==' ')
{
i++;
if (i>15) return type ;
}
int j=i ;
while (ligne[j]!=' ') j++ ;
type=ligne.substr(i,j-i) ;
std::transform(type.begin(),type.end(),
type.begin(), //destination
(int(*)(int)) toupper //to upper: convert to upper case
);
//cout << type <<"a" ;
return type;
}
std::string readresidtype(const std::string &ligne) {
std::string type="" ;
int i=17 ;
while (ligne[i]==' ')
{
i++;
if (i>19) return type ;
}
int j=i ;
while (ligne[j]!=' ') j++ ;
type=ligne.substr(i,j-i) ;
std::transform(type.begin(),type.end(),
type.begin(), //destination
(int(*)(int)) toupper //to upper: convert to upper case
);
//cout << type <<"a" ;
return type;
}
void ReadPDB(ifstream& fichier, Rigidbody& protein) {
std::string ligne ;
int compteur = 0 , compteur1=0;
//std::cout << "file opening " << nomfich.c_str() << std::endl ;
while ( std::getline(fichier, ligne))
{
compteur++ ;
if (isAtom(ligne))
{
// cout <<ligne <<endl;
compteur1++ ;
std::string sx,sy,sz;
sx=ligne.substr(30,8);
sy=ligne.substr(38,8);
sz=ligne.substr(46,8);
Coord3D pos;
pos.x=atof(sx.c_str());
pos.y=atof(sy.c_str());
pos.z=atof(sz.c_str());
Atomproperty a;
a.SetType( readatomtype(ligne));
a.SetResidType(readresidtype(ligne));
a.SetChainId(ligne.substr(21,1));
a.SetResidId(atoi(ligne.substr(22,4).c_str()));
a.SetAtomId(atoi(ligne.substr(6,5).c_str()));
std::string extra = ligne.substr(54,ligne.size()-1-54+1); //extracts everything after the position 27 to the end of line
a.SetExtra(extra);
protein.AddAtom(a,pos);
}
}
}
void ReadPDB(const std::string name,Rigidbody& protein ) {
std::string nomfich=name ;
// pointer toward the filename given in the constructor argument
ifstream fichier(nomfich.c_str());
if (!fichier)
{
std::ostringstream oss;
throw std::invalid_argument("##### ReadPDB:Could not open file \"" + nomfich + "\" #####") ;
// exit(-1);
}
ReadPDB(fichier, protein);
fichier.close();
return;
}
void WritePDB(const Rigidbody& rigid, std::string filename)
{
FILE* file= fopen(filename.c_str(),"w") ;
for (uint i=0; i<rigid.Size();i++)
{
const char * chainID="A" ;
Atom at = rigid.CopyAtom(i);
const char* atomname=at.GetType().c_str();
const char* residName=at.GetResidType().c_str();
int residnumber = at.GetResidId();
chainID=at.GetChainId().c_str();
int atomnumber = at.GetAtomId();
Coord3D coord = at.GetCoords();
dbl x = coord.x;
dbl y = coord.y;
dbl z = coord.z ;
fprintf(file,"ATOM %5d %-4s%3s %1s%4d %8.3f%8.3f%8.3f%s",atomnumber,atomname,residName,chainID,residnumber,real(x),real(y),real(z),at.GetExtra().c_str());
fprintf(file,"\n");
}
fclose(file);
}
} //namespace PTools
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