Merged r888: Produce json timing report. More items in CML output

When the 'tree_timer' option is in effect, the program will generate
a JSON file with timing information.

The CML output file now contains the total number of orbitals and the
number of non-zero Hamiltonian matrix elements.

( Note that we do not include the compatibility NRTAB option in this
  version. A printout of the value is still retained in 'read_options' )