Compliance of code to F2003 standard plus further cleaning

* Removal of non-f2003 constructs

   -- non-standard intrinsics: dcmplx, dconjg, dreal, etc
   -- non-standard extensions for POSIX calls (chdir, system, etc)
      These are now implemented using the 'iso_c_binding' module.
   -- non-standard variable declarations (real*8, etc)

* Avoid use of 'mpif.h' in MPI compilation. Replace by 'use mpi'

* Avoid compiler checks for reallocation on assignment: whole array
  assignments now use array-section syntax in the left-hand side.

* Fix of a number of potential interface problems

* Some dead code has been removed

* The code should now compile with only 'benign' warnings with the
  gfortran flags:

      FFLAGS= -std=f2003 -Wall -Wextra -Wrealloc-lhs-all

A sizable number of warnings refer to unused arguments and variables,
which have not been removed in this pass.