[r=rogpeppe] agent/tools: do not embed Binary

I want to serialise Tools as part of the API
and it doesn't read well with an embedded
field (also there's a difference between Go1.0.2
and Go1.1 with embedded fields.

We could just define a Tools.MarshalJSON
method, but I prefer to make Tools marshal
nicely as-is.

I think it actually reads better without the
embedding too.

https://codereview.appspot.com/11760045/