Move all shebangs to python3.

The code has all long since been ported to python3, but shebangs were still
pointing at python (python2).  python2 is not installed on
ubuntu-archive-toolbox and shouldn't be.  Currently we have a cowboyed
symlink ~/bin/python -> /usr/bin/python3 to make extra-germinate work, but
now that we've moved off of snakefruit we should update all this code to
point at python3 directly so we can drop the cowboy symlink.