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Viewing changes to src/formats/tinkerformat.cpp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2006-05-14 19:46:01 UTC
  • mfrom: (1.1.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060514194601-h3j1wovvc42cigxl
Tags: 2.0.1-1
http://bugs.debian.org/341628
* New upstream release. (Closes: #341628)
* debian/patches/04_zipstream_fix.diff: Removed, applied upstream.
* debian/rules (DEB_MAKE_CHECK_TARGET): Readded.

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removed removed

Lines of Context:
src/formats/tinkerformat.cpp
 
1
/**********************************************************************
 
2
Copyright (C) 2000 by OpenEye Scientific Software, Inc.
 
3
Some portions Copyright (C) 2001-2005 by Geoffrey R. Hutchison
 
4
Some portions Copyright (C) 2004 by Chris Morley
 
5
 
 
6
This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 
7
it under the terms of the GNU General Public License as published by
 
8
the Free Software Foundation version 2 of the License.
 
9
 
 
10
This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
11
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
12
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
13
GNU General Public License for more details.
 
14
***********************************************************************/
 
15
 
 
16
#include "mol.h"
 
17
#include "obconversion.h"
 
18
 
 
19
using namespace std;
 
20
namespace OpenBabel
 
21
{
 
22
 
 
23
class TinkerFormat : public OBFormat
 
24
{
 
25
public:
 
26
    //Register this format type ID
 
27
    TinkerFormat()
 
28
    {
 
29
        OBConversion::RegisterFormat("txyz",this);
 
30
    }
 
31
 
 
32
    virtual const char* Description() //required
 
33
    {
 
34
        return
 
35
            "Tinker MM2 format\n \
 
36
            No comments yet\n";
 
37
    };
 
38
 
 
39
  virtual const char* SpecificationURL()
 
40
  {return "http://dasher.wustl.edu/tinker/";}; //optional
 
41
 
 
42
    //Flags() can return be any the following combined by | or be omitted if none apply
 
43
    // NOTREADABLE  READONEONLY  NOTWRITABLE  WRITEONEONLY
 
44
    virtual unsigned int Flags()
 
45
    {
 
46
        return NOTREADABLE | WRITEONEONLY;
 
47
    };
 
48
 
 
49
    //*** This section identical for most OBMol conversions ***
 
50
    ////////////////////////////////////////////////////
 
51
    /// The "API" interface functions
 
52
    virtual bool WriteMolecule(OBBase* pOb, OBConversion* pConv);
 
53
 
 
54
    ////////////////////////////////////////////////////
 
55
    /// The "Convert" interface functions
 
56
    virtual bool WriteChemObject(OBConversion* pConv)
 
57
    {
 
58
        //Retrieve the target OBMol
 
59
        OBBase* pOb = pConv->GetChemObject();
 
60
        OBMol* pmol = dynamic_cast<OBMol*> (pOb);
 
61
        bool ret=false;
 
62
        if(pmol)
 
63
            ret=WriteMolecule(pmol,pConv);
 
64
 
 
65
        std::string auditMsg = "OpenBabel::Write molecule ";
 
66
        std::string description(Description());
 
67
        auditMsg += description.substr( 0, description.find('\n') );
 
68
        obErrorLog.ThrowError(__FUNCTION__,
 
69
                              auditMsg,
 
70
                              obAuditMsg);
 
71
 
 
72
        delete pOb;
 
73
        return ret;
 
74
    };
 
75
};
 
76
//***
 
77
 
 
78
//Make an instance of the format class
 
79
TinkerFormat theTinkerFormat;
 
80
 
 
81
/////////////////////////////////////////////////////////////////
 
82
 
 
83
bool TinkerFormat::WriteMolecule(OBBase* pOb, OBConversion* pConv)
 
84
{
 
85
    OBMol* pmol = dynamic_cast<OBMol*>(pOb);
 
86
    if(pmol==NULL)
 
87
        return false;
 
88
 
 
89
    //Define some references so we can use the old parameter names
 
90
    ostream &ofs = *pConv->GetOutStream();
 
91
    OBMol &mol = *pmol;
 
92
 
 
93
    unsigned int i;
 
94
    char buffer[BUFF_SIZE];
 
95
    OBBond *bond;
 
96
    vector<OBEdgeBase*>::iterator j;
 
97
 
 
98
    sprintf(buffer,"%6d %-20s   MM2 parameters",mol.NumAtoms(),mol.GetTitle());
 
99
    ofs << buffer << endl;
 
100
 
 
101
    ttab.SetFromType("INT");
 
102
 
 
103
    OBAtom *atom;
 
104
    string str,str1;
 
105
    for(i = 1;i <= mol.NumAtoms(); i++)
 
106
    {
 
107
        atom = mol.GetAtom(i);
 
108
        str = atom->GetType();
 
109
        ttab.SetToType("MM2");
 
110
        ttab.Translate(str1,str);
 
111
        sprintf(buffer,"%6d %2s  %12.6f%12.6f%12.6f %5d",
 
112
                i,
 
113
                etab.GetSymbol(atom->GetAtomicNum()),
 
114
                atom->GetX(),
 
115
                atom->GetY(),
 
116
                atom->GetZ(),
 
117
                atoi((char*)str1.c_str()));
 
118
        ofs << buffer;
 
119
 
 
120
        for (bond = atom->BeginBond(j); bond; bond = atom->NextBond(j))
 
121
        {
 
122
            sprintf(buffer,"%6d", (bond->GetNbrAtom(atom))->GetIdx());
 
123
            ofs << buffer;
 
124
        }
 
125
 
 
126
        ofs << endl;
 
127
    }
 
128
 
 
129
    return(true);
 
130
}
 
131
 
 
132
} //namespace OpenBabel