~ubuntu-branches/ubuntu/natty/python-cogent/natty

• Changes
• Files

~ubuntu-branches/ubuntu/natty/python-cogent/natty » Changes to cogent/parse/dynalign.py from revision 5

From Revision 5

expand all

collapse all

Rev		Summary	Authors	Tags	Date	Diff	Files
5		* Bumped standard to 3.9.1, no changes required. * Bumped standard to 3.9.1, no changes required. * New upstream version.   - major additions to Cookbook   - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.   - added getGeneByStableId method to genome objects.   - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.   - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version   - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for     symbolic and continuous data)   - Information theoretic measures (AIC and BIC) added   - drawing of trees with collapsed nodes   - progress display indicator support for terminal and GUI apps   - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as      cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.   - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's     workflow, also added cookbook demo.   - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in     cogent.parse.binary_sff   - thousand fold performance improvement to nmds   - >10-fold performance improvements to some Table operations	Steffen Moeller	1.5-1	13 years ago
1		Import upstream version 1.4.1 Import upstream version 1.4.1	Sri Girish Srinivasa...	upstream-1.4.1	14 years ago

Loggerhead is a web-based interface for Breezy
Version: 2.0.1