← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Matrix/IO/phylip.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Matrix/IO/phylip.pm
1
 
# $Id: phylip.pm,v 1.3.4.1 2006/10/02 23:10:21 sendu Exp $
 
1
# $Id: phylip.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Matrix::IO::phylip
4
4
#
17
17
=head1 SYNOPSIS
18
18
 
19
19
  use Bio::Matrix::IO;
20
 
  my $parser = new Bio::Matrix::IO(-format   => 'phylip'
 
20
  my $parser = Bio::Matrix::IO->new(-format   => 'phylip'
21
21
                                   -file     => 't/data/phylipdist.out');
22
22
  my $matrix = $parser->next_matrix;
23
23
 
72
72
=head2 new
73
73
 
74
74
 Title   : new
75
 
 Usage   : my $obj = new Bio::Matrix::IO::phylip();
 
75
 Usage   : my $obj = Bio::Matrix::IO::phylip->new();
76
76
 Function: Builds a new Bio::Matrix::IO::phylip object 
77
77
 Returns : an instance of Bio::Matrix::IO::phylip
78
78
 Args    :