← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/ipcress.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/ipcress.pm
1
 
# $Id: ipcress.pm,v 1.8.4.1 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
 
1
# $Id: ipcress.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::ipcress
4
4
#
22
22
 
23
23
    use Bio::Tools::ipcress;
24
24
    use Bio::SeqIO;
25
 
    my $parser = new Bio::Tools::ipcress(-file => 'seq1.ipcress');
26
 
    my $seqio = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta', -file => 'seq1.fa');
 
25
    my $parser = Bio::Tools::ipcress->new(-file => 'seq1.ipcress');
 
26
    my $seqio = Bio::SeqIO->new(-format => 'fasta', -file => 'seq1.fa');
27
27
    my $seq = $seqio->next_seq || die("cannot get a seq object from SeqIO");
28
28
 
29
29
    while( my $feat = $parser->next_feature ) {
30
30
        # add ipcress annotation to a sequence
31
31
        $seq->add_SeqFeature($feat);
32
32
    }
33
 
    my $seqout = new Bio::SeqIO(-format => 'embl');
 
33
    my $seqout = Bio::SeqIO->new(-format => 'embl');
34
34
    $seqout->write_seq($seq);
35
35
 
36
36
 
91
91
=head2 new
92
92
 
93
93
 Title   : new
94
 
 Usage   : my $ipcress = new Bio::Tools::ipcress(-file => $file,
 
94
 Usage   : my $ipcress = Bio::Tools::ipcress->new(-file => $file,
95
95
                                           -primary => $fprimary, 
96
96
                                           -source => $fsource, 
97
97
                                           -groupclass => $fgroupclass);
197
197
    }
198
198
 
199
199
 
200
 
    my $markerfeature = new Bio::SeqFeature::Generic 
 
200
    my $markerfeature = Bio::SeqFeature::Generic->new 
201
201
        ( '-start'   => $start,
202
202
          '-end'     => $end,
203
203
          '-strand'  => $strand,