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Viewing changes to Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-09-03 11:00:03 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090903110003-11of27rxner5vnl9
Tags: 1.6.1-1
http://bugs.debian.org/541274
* New upstream release.
* debian/patches/10-wrong-path-for-interpreter.patch: removed
  (fixed upstream).
* debian/watch updated (bioperl -> BioPerl).
* debian/rules refreshed with dh-make-perl 0.53.
  - Disabled installation of examples (removed upstream).
  - Removed the correction of file permission of Pise documentation
    (removed upstream).
  - Removed patching facilities (no patches anymore).
  - Disabled tests as I experience failures with t/Eponine.t despite
    this program is not installed.
* debian/copyright:
  - Removed vanity lines about debianization and debian copyright.
  - Incremented years to 2009.
  - Updated to latest experimentation of the machine-readable license summary.
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance on new Policy
    (dropped versionned build-dependancy on Perl).
  - Removed build-dependancy on quilt (no patches anymore).
  - Depend and Build-Depend on bioperl versions superior or equal to 1.6.0.
  - Build-depends on, and Recommdnes libalgorithm-diff-perl, libipc-run-perl,
    libio-string-perl and libxml-twig-perl, that are listed in DEPENDANCIES.
  - Build-depends on libarray-compare-perl and libtree-dagnode-perl
    (otherwise tests fail). 
  - Depend on amap-align instead of amap (Closes: #541274).

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removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm
1
1
# BioPerl module for Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4
2
2
#
 
3
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
4
#
3
5
# Cared for by
4
6
#
5
7
# Copyright Shawn Hoon
61
63
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
62
64
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
63
65
 
 
66
=head2 Support 
 
67
 
 
68
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
69
  
 
70
L<bioperl-l@bioperl.org>
 
71
  
 
72
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
73
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
74
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
75
with code and data examples if at all possible.
 
76
 
64
77
=head2 Reporting Bugs
65
78
 
66
79
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
135
148
 
136
149
 Title   : program_dir
137
150
 Usage   : $factory->program_dir(@params)
138
 
 Function: returns the program directory, obtiained from ENV variable.
 
151
 Function: returns the program directory, obtained from ENV variable.
139
152
 Returns:  string
140
153
 Args    :
141
154