Viewing all changes in revision 4.
- Committer: Bazaar Package Importer
- Date: 2011-06-18 13:21:36 UTC
- mfrom: (1.1.2 upstream)
- Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110618132136-w33893ywxkw2fbx7
* New upstream release.Â
* Converted and validated debian/copyright to latest machine-readable format.
*Â debian/control:
  - Refreshed the list of packages for which wrappers are provided, in the
    Suggests field as well as in an experimental Build-Recommends field.
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.
* Point debian/watch to CPAN.
* Tiny style with Debhelper 8 (debian/rules, debian/compat, debian/control).
* Split scripts in bioperl-run and modules in libbio-perl-run-perl.
  (debian/rules, debian/control, debian/bioperl-run.install,
  debian/libbio-perl-run-perl.install)
* debian/rules, debian/patches/series, debian/control:
  - debian/patches/install-scripts.patch for non-interactive script install.
  - debian/patches/Use-system-s-Perl.patch against /usr/local/bin/perl.
  - debian/patches/Some-spellchecking.patch.
* Trigger network tests with DEB_MAINTAINER_MODE (debian/rules,
  debian/README.test).
* Converted and validated debian/copyright to latest machine-readable format.
*Â debian/control:
  - Refreshed the list of packages for which wrappers are provided, in the
    Suggests field as well as in an experimental Build-Recommends field.
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.
* Point debian/watch to CPAN.
* Tiny style with Debhelper 8 (debian/rules, debian/compat, debian/control).
* Split scripts in bioperl-run and modules in libbio-perl-run-perl.
  (debian/rules, debian/control, debian/bioperl-run.install,
  debian/libbio-perl-run-perl.install)
* debian/rules, debian/patches/series, debian/control:
  - debian/patches/install-scripts.patch for non-interactive script install.
  - debian/patches/Use-system-s-Perl.patch against /usr/local/bin/perl.
  - debian/patches/Some-spellchecking.patch.
* Trigger network tests with DEB_MAINTAINER_MODE (debian/rules,
  debian/README.test).
- files added:
- META.json
- debian/patches
- lib
- lib/Bio
- lib/Bio/DB
- lib/Bio/DB/ESoap
- lib/Bio/DB/SoapEUtilities
- lib/Bio/DB/SoapEUtilities/FetchAdaptor
- lib/Bio/Factory
- lib/Bio/Installer
- lib/Bio/Tools
- lib/Bio/Tools/Run
- lib/Bio/Tools/Run/Alignment
- lib/Bio/Tools/Run/Analysis
- lib/Bio/Tools/Run/AnalysisFactory
- lib/Bio/Tools/Run/BEDTools
- lib/Bio/Tools/Run/BWA
- lib/Bio/Tools/Run/BlastPlus
- lib/Bio/Tools/Run/Bowtie
- lib/Bio/Tools/Run/Maq
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Molphy
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Njtree
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/PAML
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phast
- lib/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip
- lib/Bio/Tools/Run/Samtools
- lib/Bio/Tools/Run/StandAloneBlastPlus
- t/data/bowtie
- t/data/bowtie/indexes
- t/data/bowtie/reads
- files removed:
- Bio
- Bio/Factory
- Bio/Installer
- Bio/Tools
- Bio/Tools/Run
- Bio/Tools/Run/Alignment
- Bio/Tools/Run/Analysis
- Bio/Tools/Run/AnalysisFactory
- Bio/Tools/Run/Phylo
- Bio/Tools/Run/Phylo/Hyphy
- Bio/Tools/Run/Phylo/Molphy
- Bio/Tools/Run/Phylo/Njtree
- Bio/Tools/Run/Phylo/PAML
- Bio/Tools/Run/Phylo/Phast
- Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip
- files modified:
- AUTHORS
- t/data/cysprot1a.msf *
- t/data/cysprot1b.msf *
expand all
collapse all
added
removed
