doc/quilt.pdf: Fix cross-references

In order to have cross-references in the PDF documentation, we need
a two-pass process, where the first pass prepares the references
while the second pass generates the actual PDF.

Do that explicitly from now on, so that the cross-references are OK
even when building the documentation for the first time.

Signed-off-by: Jean Delvare <jdelvare@suse.de>
Tested-by: Ondřej Lysoněk <olysonek@redhat.com>