Coding Standards: Prepare for upgrading WPCS to 1.0.0.

In order to get the best result when running `phpcbf` across the codebase, there are some manual tweaks we need to make.

These fall into three categories:
- Fixing incorrectly indented code which has flow-on effects when auto-fixing.
- Tweaking the layout of inline PHP inside HTML tags.
- Moving more complex inline PHP inside HTML tags, to execute earlier.

See #44600.


Built from https://develop.svn.wordpress.org/trunk@43569