Bug #1227240 fix.

my.cnf can contain innodb_log_arch_dir option for server. xtrabackup can
use servers my.cnf. As innodb_log_arch_dir option can be used only for backup
preparing xtrabackup exits with error message in the case of backup with
innodb_log_arch_dir option. Such behavior does not allow to make backup if
default my.cnf contains innodb_log_arch_dir.

This fix ignores --innodb_log_arch_dir and --to-archived-lsn and outputs warning
if --prepare is not set.