Don't move the new germinate-output dir over, but diff and patch

The germinate-output dir is 56GiB and the contents almost never change BUT
because we're rsyncing to a separate VM for a web frontend, this is a lot of
churn every 6 hours.  Patching in place ensures that timestamps don't change
on files that haven't changed, so there's much less that should need to be
checked.