RAMBLE: Well, its been a long time since the last commit was made. I am making new efforts to revive the application.
Changes:
 *This is a major overhaul to the application*
 * Command line input is now more neatly parsed, with the argparse library included in python.
 * Tools now do not require a python interface, just a plain text *.tool file with information about the tool. Specifically: name, version, application used to execute the tool, path to the tool, path to a help file.
 * Some other changes may exist