Improve the API docs.

Improve the HTML output of the API docs, and remove most warnings
output by the YUIDoc compiler. There should be no more than two.

Reviewers, you may want to start at the end: look at the changes
for docs/style-guide.rst, where you'll find the raionale for most
of the other changes.

Sorry for the big diff. The indentation changes in
app/models/charm.js are courtesy of the beautifier.

R=bac, gary.poster
CC=
https://codereview.appspot.com/7221072