Tidied up time discretisation of the k-epsilon model and some other bits. See the manual edits for details on this. The main changes to the code are:

- Calculation of keps diagnostic now done twice during each non-linear iteration. First before advection diffusion of scalar fields, then again before the momentum solve. This makes it possible to have a consistent time-discretisation across the equations.
- Non-linear velocities are used in diagnostics and k and epsilon values are averaged between the most recent value and the value at the end of the last time step using a user defined theta value
- changes to how the isotropic Reynolds stresses are calculated. They are now absorbed in to the modified pressure. 
- rewritten low-reynolds model which was wrong before