~asc/fluidity/vtuscale

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Tidied up time discretisation of the k-epsilon model and some other bits. See the manual edits for details on this. The main changes to the code are:

- Calculation of keps diagnostic now done twice during each non-linear iteration. First before advection diffusion of scalar fields, then again before the momentum solve. This makes it possible to have a consistent time-discretisation across the equations.
- Non-linear velocities are used in diagnostics and k and epsilon values are averaged between the most recent value and the value at the end of the last time step using a user defined theta value
- changes to how the isotropic Reynolds stresses are calculated. They are now absorbed in to the modified pressure. 
- rewritten low-reynolds model which was wrong before

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Lines of Context:
48
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   ../include/iceshelf_meltrate_surf_normal.mod ../include/implicit_solids.mod \
49
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   ../include/k_epsilon.mod ../include/memory_diagnostics.mod \
50
50
   ../include/meshdiagnostics.mod ../include/meshmovement.mod \
51
 
   ../include/momentum_equation.mod ../include/multimaterial_module.mod \
52
 
   ../include/multiphase_module.mod ../include/parallel_tools.mod \
53
 
   ../include/populate_state_module.mod \
 
51
   ../include/momentum_diagnostic_fields.mod ../include/momentum_equation.mod \
 
52
   ../include/multimaterial_module.mod ../include/multiphase_module.mod \
 
53
   ../include/parallel_tools.mod ../include/populate_state_module.mod \
54
54
   ../include/populate_sub_state_module.mod ../include/qmesh_module.mod \
55
55
   ../include/reduced_model_runtime.mod ../include/reserve_state_module.mod \
56
56
   ../include/saturation_distribution_search_hookejeeves.mod \