Add an index for db.charms.

Without the proper index, sorting mongo results fail.

* Add setup_mongo_indices and make it idempotent.
* Lots of tests.
* Change migration 'initialize' to call setup_mongo_indices.
* Add a migration for existing dbs.

* Drive by ugliness

The migration scripts, even long-lived ones like test_migrations.py, were
quite dirty lint-wise.  Turns out the Makefile was excluding them explicitly.
Changed the lint target and then had to fix the old scripts.

https://codereview.appspot.com/61720043/

R=jcsackett. Fixes: https://bugs.launchpad.net/bugs/1278222.

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