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Viewing changes to BasePair.h

  • Committer: benjamin boyer
  • Date: 2010-03-17 21:35:59 UTC
  • Revision ID: ben.b.boyer@googlemail.com-20100317213559-2j63xeuwmzhjmznu
code cleaning: references to const instead of object copy

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Lines of Context:
BasePair.h
13
13
  
14
14
  class BasePair 
15
15
  {
16
 
    //atribut
17
 
    Rigidbody rigbody;
18
 
    
19
16
    public:
20
17
    ///initialize a new object with a file
21
18
    BasePair(std::string filename);
22
19
    ///initialize a new object from a regular Rigidbody
23
 
    BasePair(Rigidbody rigbody);
 
20
    BasePair(const Rigidbody& rigbody);
24
21
    ~BasePair();
25
22
    
26
23
    ///return a string containing the atoms data following the PDB format 
27
 
    std::string printPDB();
 
24
    std::string printPDB() const;
28
25
    
29
26
    /// apply a Movement to the BasePair 
30
 
    void apply(Movement);
 
27
    void apply(const Movement& );
31
28
    /// apply a Matrix to the BasePair
32
 
    void apply(Matrix);
 
29
    void apply(const Matrix&);
33
30
    
34
31
    /// return the Matrix of the BasePair
35
 
    Matrix getMatrix();
 
32
    Matrix getMatrix()const;
36
33
    
37
34
    /// return the Movemeny of the BasePair
38
 
    Movement getMovement();
 
35
    Movement getMovement()const;
39
36
    
40
37
    /// return the ID of the chain of the BasePair (A for a AT, T for a TA, ...)
41
 
    std::string getChainID();
 
38
    std::string getChainID()const;
42
39
    
43
40
    /// return the Rigidbody of the BasePair
44
 
    Rigidbody getRigidBody();
 
41
    Rigidbody getRigidBody()const;
45
42
    /// define the Rigidbody of the BasePair
46
 
    void setRigidBody(Rigidbody);
 
43
    void setRigidBody(const Rigidbody&);
47
44
    
48
45
    /// return the Residue ID of the BasePair (it's rank in the DNA strand) 
49
 
    uint getResID();
 
46
    uint getResID()const;
50
47
    /// define the Residue ID of the BasePair (it's rank in the DNA strand)
51
48
    void setResID(int);
 
49
 
 
50
    private:
 
51
    //atribut
 
52
    Rigidbody rigbody;
 
53
    
52
54
  };
53
55
  
54
56
}//end namespace