Improvements and refactoring mainly to the functions related to count reads

eva_analysis_functions.R:
------------------------------------
* tasks related to count reads splitted in two functions: one for snpEff count reads, and the other for postprocessing of data with R
* cr.txt read with package mmap.csv():
  # mmap.csv() is meant to be the analogue of read.csv in R, with the primary difference being
  # that data is read, by column, into memory-mapped structs on disk. 
** the whole function adapted to work with objects from mmap package.
* show & log some information  about memory consumed along the process in this count reads R function.

Adapted the other R files to allow the revious changes to work.