← Back to branch summary

~esys-p-dev/esys-particle/gengeo

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/FullCircMNTable3D.cc

  • Committer: Steffen Abe
  • Date: 2014-10-15 12:21:08 UTC
  • Revision ID: s.abe@igem-energie.de-20141015122108-2gn2hwua8fj3pc5q
Fixed bug in FullCircMNTable3D::insertChecked resulting in spurious bonds to non-existing particles

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/FullCircMNTable3D.cc
169
169
bool FullCircMNTable3D::insertChecked(const Sphere& S,unsigned int gid,double tol)
170
170
{
171
171
  bool res;
 
172
  bool orig_insertable=false;
 
173
  bool xclone_insertable=false;
 
174
  bool yclone_insertable=false;
 
175
  bool zclone_insertable=false;
 
176
  bool needs_xcloning=false;    
 
177
  bool needs_ycloning=false;    
 
178
  bool needs_zcloning=false;    
172
179
  int id=getIndex(S.Center());
173
180
  int xidx=getXIndex(S.Center());
174
181
  int yidx=getYIndex(S.Center());
175
182
  int zidx=getZIndex(S.Center());
176
183
 
 
184
  Sphere XClone=S;
 
185
  Sphere YClone=S;
 
186
  Sphere ZClone=S;
 
187
        
177
188
  tol+=s_small_value;
178
 
  if((id!=-1) && (xidx!=0) && (xidx!=m_nx-1) && (gid<m_ngroups)){
179
 
    // insert original
 
189
  if((id!=-1) && (xidx!=0) && (xidx!=m_nx-1)  && (yidx!=0) && (yidx!=m_ny-1)  && (zidx!=0) && (zidx!=m_nz-1)  && (gid<m_ngroups)){ // original position is inside "core" of the table
 
190
    // check if original is insertable
180
191
    multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(S.Center(),S.Radius()-tol,gid);
181
 
    if(close_spheres.size()==0){
182
 
      m_data[id].insert(S,gid);
183
 
      res=true;
184
 
    } else res=false;
185
 
    // insert x-clone
186
 
    if (xidx==1){
187
 
      Sphere SClone=S;
188
 
      SClone.shift(m_shift_x);
189
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
190
 
      if(close_spheres.size()==0){
191
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
192
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
193
 
      }
194
 
    } else if  (xidx==m_nx-2){
195
 
      Sphere SClone=S;
196
 
      SClone.shift(-1.0*m_shift_x);
197
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
198
 
      if(close_spheres.size()==0){
199
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
200
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
201
 
      }
202
 
    } 
203
 
    // insert y-clone
204
 
    if (yidx==1){
205
 
      Sphere SClone=S;
206
 
      SClone.shift(m_shift_y);
207
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
208
 
      if(close_spheres.size()==0){
209
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
210
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
211
 
      }
212
 
    } else if  (yidx==m_ny-2){
213
 
      Sphere SClone=S;
214
 
      SClone.shift(-1.0*m_shift_y);
215
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
216
 
      if(close_spheres.size()==0){
217
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
218
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
219
 
      }
220
 
    } 
221
 
    // insert z-clone
222
 
    if (zidx==1){
223
 
      Sphere SClone=S;
224
 
      SClone.shift(m_shift_z);
225
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
226
 
      if(close_spheres.size()==0){
227
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
228
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
229
 
      }
230
 
    } else if  (zidx==m_nz-2){
231
 
      Sphere SClone=S;
232
 
      SClone.shift(-1.0*m_shift_z);
233
 
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-tol,gid);
234
 
      if(close_spheres.size()==0){
235
 
        int clone_id=getFullIndex(SClone.Center());
236
 
        m_data[clone_id].insert(SClone,gid);
237
 
      }
238
 
    } 
 
192
    orig_insertable=(close_spheres.size()==0); // insertable if there are no spheres too close
 
193
    // check if clone is insertable
 
194
    // -- x --
 
195
    if (xidx==1){ // original in x-min slice of the table -> shift clone to +x  
 
196
      needs_xcloning=true;
 
197
      XClone.shift(m_shift_x);
 
198
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(XClone.Center(),XClone.Radius()-tol,gid);
 
199
      xclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
200
    } else if  (xidx==m_nx-2){ // original in x-max slice of the table -> shift clone to -x  
 
201
      needs_xcloning=true;
 
202
      XClone.shift(-1.0*m_shift_x);
 
203
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(XClone.Center(),XClone.Radius()-tol,gid);
 
204
      xclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
205
    } 
 
206
    // -- y --
 
207
    if (yidx==1){ // original in y-min slice of the table -> shift clone to +y  
 
208
      needs_ycloning=true;
 
209
      YClone.shift(m_shift_y);
 
210
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(YClone.Center(),YClone.Radius()-tol,gid);
 
211
      yclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
212
    } else if  (yidx==m_ny-2){ // original in y-max slice of the table -> shift clone to -y  
 
213
      needs_ycloning=true;
 
214
      YClone.shift(-1.0*m_shift_y);
 
215
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(YClone.Center(),YClone.Radius()-tol,gid);
 
216
      yclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
217
    } 
 
218
    // -- z --
 
219
    if (zidx==1){ // original in z-min slice of the table -> shift clone to +z  
 
220
      needs_zcloning=true;
 
221
      ZClone.shift(m_shift_z);
 
222
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(ZClone.Center(),ZClone.Radius()-tol,gid);
 
223
      zclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
224
    } else if  (zidx==m_nz-2){ // original in z-max slice of the table -> shift clone to -z  
 
225
      needs_zcloning=true;
 
226
      ZClone.shift(-1.0*m_shift_z);
 
227
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(ZClone.Center(),ZClone.Radius()-tol,gid);
 
228
      zclone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
229
    } 
 
230
    
 
231
    // original not in end slices -> no cloning
 
232
  } 
 
233
 
 
234
  if(orig_insertable && 
 
235
        (xclone_insertable || (!needs_xcloning)) &&
 
236
        (yclone_insertable || (!needs_ycloning)) &&
 
237
        (zclone_insertable || (!needs_zcloning))){ // if origin is insertable and all clones are either insertable or not needed
 
238
        m_data[id].insert(S,gid); // insert original
 
239
        if (needs_xcloning) { // if needed, insert xclone
 
240
                int clone_id=getFullIndex(XClone.Center());
 
241
                m_data[clone_id].insert(XClone,gid);
 
242
        }
 
243
        if (needs_ycloning) { // if needed, insert clone
 
244
                int clone_id=getFullIndex(YClone.Center());
 
245
                m_data[clone_id].insert(YClone,gid);
 
246
        }
 
247
        if (needs_zcloning) { // if needed, insert clone
 
248
                int clone_id=getFullIndex(ZClone.Center());
 
249
                m_data[clone_id].insert(ZClone,gid);
 
250
        }
 
251
        res=true;
239
252
  } else {
240
253
    res=false;
241
254
  }
242
 
 
243
255
  return res;
244
256
}
245
257
 
246
258
bool FullCircMNTable3D::checkInsertable(const Sphere& S,unsigned int gid)
247
259
{
248
 
  bool res;
249
 
 
 
260
  bool orig_insertable=false;
 
261
  bool clone_insertable=false;
 
262
  bool needs_cloning=false;             
250
263
  int id=this->getIndex(S.Center());
251
264
  int xidx=getXIndex(S.Center());
252
265
  int yidx=getYIndex(S.Center());
253
266
  int zidx=getZIndex(S.Center());
 
267
  Sphere SClone=S;
254
268
  
255
 
  if((id!=-1) && (xidx!=0) && (xidx!=m_nx-1)  && (yidx!=0) && (yidx!=m_ny-1)  && (zidx!=0) && (zidx!=m_nz-1)  && (gid<m_ngroups)){
 
269
  if((id!=-1) && (xidx!=0) && (xidx!=m_nx-1)  && (yidx!=0) && (yidx!=m_ny-1)  && (zidx!=0) && (zidx!=m_nz-1)  && (gid<m_ngroups)){ // original position is inside "core" of the table
 
270
    // check if original is insertable
256
271
    multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(S.Center(),S.Radius()-s_small_value,gid);
257
 
    if(close_spheres.size()==0){ 
258
 
      res=true;
259
 
    } else {
260
 
      res=false;
261
 
//       for(map<double,const Sphere*>::const_iterator iter=close_spheres.begin();
262
 
//        iter!=close_spheres.end();
263
 
//        iter++){
264
 
//      std::cout << iter->first << "  |  " << *(iter->second) << std::endl; 
265
 
//       }
266
 
    }
267
 
  } else {
268
 
    res=false;
269
 
  }
 
272
    orig_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
273
    // check if clone is insertable
 
274
    //  -- x --
 
275
    if (xidx==1){ // original in x-min slice of the table -> shift clone to +x  
 
276
      needs_cloning=true;
 
277
      SClone.shift(m_shift_x);
 
278
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
279
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
280
    } else if  (xidx==m_nx-2){ // original in x-max slice of the table -> shift clone to -x  
 
281
      needs_cloning=true;
 
282
      SClone.shift(-1.0*m_shift_x);
 
283
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
284
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
285
    } 
 
286
    //  -- y --
 
287
    if (yidx==1){ // original in y-min slice of the table -> shift clone to +y  
 
288
      needs_cloning=true;
 
289
      SClone.shift(m_shift_y);
 
290
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
291
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
292
    } else if  (yidx==m_ny-2){ // original in y-max slice of the table -> shift clone to -y  
 
293
      needs_cloning=true;
 
294
      SClone.shift(-1.0*m_shift_y);
 
295
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
296
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
297
    } 
 
298
    //  -- z --
 
299
    if (zidx==1){ // original in z-min slice of the table -> shift clone to +z  
 
300
      needs_cloning=true;
 
301
      SClone.shift(m_shift_z);
 
302
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
303
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
304
    } else if  (zidx==m_nz-2){ // original in z-max slice of the table -> shift clone to -z  
 
305
      needs_cloning=true;
 
306
      SClone.shift(-1.0*m_shift_z);
 
307
      multimap<double,const Sphere*> close_spheres=getSpheresFromGroupNear(SClone.Center(),SClone.Radius()-s_small_value,gid);
 
308
      clone_insertable=(close_spheres.size()==0);
 
309
    } 
 
310
    // original not in end slices -> no cloning
 
311
  } 
 
312
  
 
313
  return (orig_insertable && (clone_insertable || (!needs_cloning))); // original is insertable and clone is either insertable or not needed
 
314
}
270
315
 
271
 
  return res;}
272
316
 
273
317
/*!
274
318
  Generate bonds between particles of a group. Takes cloned particles into account.