← Back to branch summary

~marcodalessandro76/bigdft/1.8

« back to all changes in this revision

Viewing changes to PyBigDFT/BigDFT/Database/postprocess.yaml

  • Committer: marco.dalessandro at cnr
  • Date: 2018-12-27 10:54:43 UTC
  • mfrom: (2095.1.6 bigdft)
  • Revision ID: marco.dalessandro@ism.cnr.it-20181227105443-qz9x5ya1137gr5ev
modified files before pull the new 1.8.3

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
PyBigDFT/BigDFT/Database/postprocess.yaml
2
2
  help: |
3
3
    Compute the multipoles and purity value of a system given its
4
4
    partitioning into fragments.
 
5
  tool: bigdft-tool
 
6
  mpi: false
5
7
  args:
6
 
  - matrix_format:
 
8
    matrix_format:
7
9
      shorthelp: format of the sparse matrices.
8
10
      default: serial_text
9
 
  - metadata_file:
 
11
    metadata_file:
10
12
      shorthelp: input file with the sparse matrix metadata
11
13
      default: sparsematrix_metadata.dat
12
 
  - fragment_file:
 
14
    fragment_file:
13
15
      shorthelp: file with the fragment to be analyzed
14
16
      default: fragment.dat
15
 
  - overlap_file:
 
17
    overlap_file:
16
18
      shorthelp: input file with the overlap matrix
17
19
      default: overlap_sparse.txt
18
 
  - kernel_file:
 
20
    kernel_file:
19
21
      shorthelp: input file with the coefficients
20
22
      default: density_kernel_sparse.txt
21
 
  - kernel_matmul_file:
 
23
    kernel_matmul_file:
22
24
      shorthelp: kernel matrix multiplication sparsity pattern file.
23
25
      default: density_kernel_sparse_matmul.txt
24
 
  - multipole_matrix_0_0:
 
26
    multipole_matrix_0_0:
25
27
      default: mpmat_0_0.txt
26
 
  - multipole_matrix_1_0:
 
28
    multipole_matrix_1_0:
27
29
      default: mpmat_1_-1.txt
28
 
  - multipole_matrix_1_1:
 
30
    multipole_matrix_1_1:
29
31
      default: mpmat_1_0.txt
30
 
  - multipole_matrix_1_2:
 
32
    multipole_matrix_1_2:
31
33
      default: mpmat_1_1.txt
32
 
  - multipole_matrix_2_0:
 
34
    multipole_matrix_2_0:
33
35
      default: mpmat_2_-2.txt
34
 
  - multipole_matrix_2_1:
 
36
    multipole_matrix_2_1:
35
37
      default: mpmat_2_-1.txt
36
 
  - multipole_matrix_2_2:
 
38
    multipole_matrix_2_2:
37
39
      default: mpmat_2_0.txt
38
 
  - multipole_matrix_2_3:
 
40
    multipole_matrix_2_3:
39
41
      default: mpmat_2_1.txt
40
 
  - multipole_matrix_2_4:
 
42
    multipole_matrix_2_4:
41
43
      default: mpmat_2_2.txt
42
 
  - orbital_file:
 
44
    orbital_file:
43
45
      shorthelp: input file specifying which orbitals to include
44
46
      default: orbitals.yaml
45
 
  - coeff_file:
 
47
    coeff_file:
46
48
      shorthelp: input file with the coefficients
47
49
      default: coeff.txt
 
50
    log_file:
 
51
      shorthelp: the output file to write to.
 
52
      default: mp.yaml
 
53
matrixpower:
 
54
  tool: memguess
 
55
  help: |
 
56
    Compute the powers of a matrix.
 
57
  mpi: false
 
58
  args:
 
59
    inmatrix_file:
 
60
      shorthelp: matrix A. Binary format.
 
61
      default: inmatrix.bin
 
62
    outmatrix_file:
 
63
      shorthelp: matrix B. Binary format.
 
64
      default: outmatrix.bin
 
65
    nat:
 
66
      shorthelp: number of atoms
 
67
      default: 1
 
68
    nbasis:
 
69
      shorthelp: number of support functions
 
70
      default: 1
 
71
    power:
 
72
      shorthelp: which power to raise the matrix to.
 
73
      default: 1.0
 
74
multiply_matrices:
 
75
  help: |
 
76
    Multiply two matrices.
 
77
  tool: memguess
 
78
  mpi: false
 
79
  args:
 
80
    amatrix_file:
 
81
      shorthelp: matrix A
 
82
      default: amatrix.bin
 
83
    bmatrix_file:
 
84
      shorthelp: matrix B
 
85
      default: bmatrix.bin
 
86
    cmatrix_file:
 
87
      shorthelp: matrix C
 
88
      default: cmatrix.bin
 
89
    nat:
 
90
      shorthelp: number of atoms
 
91
      default: 1
 
92
    nbasis:
 
93
      shorthelp: number of support functions
 
94
      default: 1
 
95
convert_matrix_format:
 
96
  help: |
 
97
    Convert between different matrix formats.
 
98
  tool: bigdft-tool
 
99
  mpi: false
 
100
  args:
 
101
    conversion:
 
102
      shorthelp: From which format to convert from and to.
 
103
      default: none
 
104
    infile:
 
105
      shorthelp: matrix to convert from.
 
106
      default: infile.dat
 
107
    outfile:
 
108
      shorthelp: matrix to convert to.
 
109
      default: outfile.dat
 
110
compute_spillage:
 
111
  help: |
 
112
    Run routines associated with the BigPoly tool
 
113
  tool: BigPoly
 
114
  mpi: true
 
115
  args:
 
116
    matrix_format:
 
117
      shorthelp: format of the sparse matrices.
 
118
      default: serial_text
 
119
    infile:
 
120
      shorthelp: first input file.
 
121
      default: infile.dat
 
122
    infile2:
 
123
      shorthelp: second input file.
 
124
      default: infile2.dat
 
125
    outfile:
 
126
      shorthelp: result is stored here.
 
127
      default: outfile.dat
 
128
    outfile2:
 
129
      shorthelp: any secondary result is stored here.
 
130
      default: outfile2.dat
 
131
    threshold:
 
132
      shorthelp: for flushing small values to zero.
 
133
      default: 1e-6
 
134
    convergence_threshold:
 
135
      shorthelp: a convergence criteria for stopping iterations.
 
136
      default: 1e-4