~narvenblog/weco/devel

class Atom(object):

    """class to store info about an atom"""

    def __init__(self, id=0, symbol="", pos=[0,0,0]):

        self.id = id

        self.symbol = symbol

        self.pos = pos

        

class Bond(object):     

    " class to store info about a bond """

    def __init__(self, id=0, atom_id_1=0, atom_id_2=0):

        self.id = id

        self.atom_id_1 = atom_id_1

        self.atom_id_2 = atom_id_2

        

class Molecule(object):

    """ class to store info about a molecule"""

    def __init__(self, id=0, name="", atoms={}, bonds={}):

        self.id = id

        self.name = name

        self.atoms = atoms

        self.bonds = bonds

        

if __name__ == '__main__':

    # code to test the atom, bond and molecule classes

    

    # create a molecule and give it some data

    m = Molecule(id=1, name="Water")

    

    # add 3 atoms to the molecule

    m.atoms[1] = Atom(id=1, symbol="O", pos=[1,2,3])

    m.atoms[2] = Atom(id=2, symbol="H", pos=[4,2,3])

    m.atoms[3] = Atom(id=3, symbol="H", pos=[1,5,6])

    

    # create 2 bonds

    m.bonds[1] = Bond(id=1, atom_id_1=1, atom_id_2=2)

    m.bonds[2] = Bond(id=2, atom_id_1=1, atom_id_2=3)

    

    # retrive the molecule data

    print "Molecule name is: %s" % m.name

    

    for key in m.atoms.keys():

        print "Atom #%s is %s" % (key, m.atoms[key].symbol)

        

    for key in m.bonds.keys():

        print "Bond #%s is bounded to atom %s and atom %s" % (key, m.bonds[key].atom_id_1, m.bonds[key].atom_id_2)