~nickpapior/siesta/trunk-kovalp

Direct merge into master branch of initial BSC changes
The changes along the BSC branches, up to the end of the restructuring
of siesta.F and associated changes, have been merged into a direct
descendant of the main development line. The BSC work originally
started as a branch of siesta-devel--reference--2.1--patch-29. Development
along 2.1 continued, and a new continuation branch 2.3 has been created
specifically for this merge.

Main patches applied:

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--base-0
   tag of siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-7

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-1
   Use of xalast in analysis routines. Exit of geometry loop

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-2
   Creation of a module to hold the siesta options

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-3
   New geometry module

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-4
   New stub module for sparse matrices

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-5
   More options for running tests

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-6
   Encapsulation of k-point handling

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-7
   Initialize iza in struct_init

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-8
   Siesta_todo slimming by M. Quero

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-9
   Fix import of no_l in born_charge

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-10
   Some conversions to Fortran90 by M. Quero

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-11
   Fourth session at the BSC

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-12
   Clarification of the scope of the stress variables

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-13
   Creation of siesta_forces

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-14
   Replacement of some allocatables by pointers and automatics

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-15
   New m_energies and m_steps modules. Back to old k-point behavior

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-16
   Merge of removal of integer and real variables from siesta_todo

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-17
   Fixes for troublesome bugs in reference code

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-18
   Final cleanup of siesta_todo

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-19
   Add character(len=*) routines to alloc.F90

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-20
   Pointers in fixed and setspatial. si2x1h test added to bsc-Makefile

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-21
   Re-organization of pulay module

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-22
   Reorganization of hsparse/xijorb calls with new neighbor module

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-23
   VPATH-aware compilation for multiple executable versions

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-24
   Allocatables to pointers  I

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-25
   Allocatables to pointers  II

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-26
   Allocatables to pointers III

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-27
   Allocatables to pointers IV -- new neighbor code + nspecies fix

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-28
   Explicit array-ness in calls in initatom and cellxc

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-29
   Fix wrong allocations in cellxc.F

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-30
   Explicit array extents in initatom.f

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-31
   Avoid shrinking of density-matrix arrays for extrapol.

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-32
   Fix typo in state_init.F

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-33
   Execute SCF loop when nscf=1

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-34
   Clarify bounds of SCF loop in siesta_forces.

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.2--base-0
   tag of ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.1--patch-31

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--base-0
   tag of ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.2--base-0

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-1
   Prepare CHANGES file

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-2
   Merge patch-log for patch-30 from 2.1

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-3
   New treatment of fractional atoms in VCA. Bug fix in lmxo

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-4
   Re-enabling of kgrid update in variable-cell calculations

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-5
   Fix typo in state_init.F

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-6
   Merge filtering package by Eduardo Anglada

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-7
   Add graphite_c6_full test for more realistic vdW test

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-8
   Add patchlog for k-point fix

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-9
   Fix of zmatrix code to deal with degenerate case

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-10
   Units conversion in Util/Optical/optical.f. Scripts. Cosmetics

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-11
   Implementation of basis_enthalpy calculation. Zmatrix dependency

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-12
   Option to use fractional rc's for multiple zeta

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-13
   Sync vpath changes. Update siesta.tex

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-14
   Fix tag in MPI send/receive in mulliken

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-15
   Option to use fractional rc's for multiple zeta

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-16
   Merge of XML tester by Eduardo Anglada. Portability fixes

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-17
   Fix marenostrum-mpi.make. Syntax in compare_m.f90

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-18
   MareNostrum fixes. zdrot to blas. obj_setup. compare_m syntax

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-19
   Sync to bsc--2.1. Change banner in CHANGES to bsc--2.3

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-20
   Execute SCF loop when nscf=1

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-21
   Refinements of XML tester. New ioncat program

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-22
   Undef var in kgridinit, iohs MPI write, pdosg array bound, Origin shift

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-23
   Zmatrix optimization enhancements. Sign change in MM stress.

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-24
   Clarify bounds of SCF loop in siesta_forces.

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-25
   Avoid MP-grid permutations in trivial gamma case

 * ref@bsc--2007/siesta-bsc--master--2.3--patch-26
   Sync to reference--2.1

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--base-0
   tag of siesta@uam.es--2006/siesta-devel--reference--2.1--patch-29

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-1
   First stage of siesta.F splitting at BSC

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-2
   Created struct_init for initial geometry setup. New test force_2

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-3
   Consolidate geometry updates at the end of loop

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-4
   Initialize vol2 correctly in m_check_supercell.f

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-5
   Kgrid setup streamlined. Bands. Proximity check. Hsparse allocation 

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-6
   Work by Manuel Quero before the meeting on Feb 7th

 * siesta@uam.es--2006/siesta-bsc--reference--2.1--patch-7
   Moved the Born-effective-charge code