← Back to branch summary

~nipy-developers/nipy/fff2

« back to all changes in this revision

Viewing changes to matlab/fffMat_onesample_stat.m

  • Committer: Bertrand THIRION
  • Date: 2008-04-03 17:29:55 UTC
  • mfrom: (13.1.5 fff2)
  • Revision ID: bt206016@is143015-20080403172955-w7v1pdjdriofvzzs
Merged Alexis'changes

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
matlab/fffMat_onesample_stat.m
 
1
T = fffMat_onesample_stat( E, V, flagStat, base, nsimu, magic, niter )
 
2
 
 
3
%FFFMAT_ONESAMPLE_STAT - Generic nonparametric RFX test for the mean or median effect. 
 
4
%
 
5
%  SYNTAX: T = FFFMAT_ONESAMPLE_STAT( E, V, flagSTAT, [BASE, NSIMU, MAGIC, NITER] );
 
6
%
 
7
%  E: matrix of estimated effects (assumed Nsubjects x Nvoxels)
 
8
%
 
9
%  V: matrix of first-level variances, same size as Y. It is 
 
10
%  taken into account by MFX stats only; for non-MFX stats, 
 
11
%  just input anything (e.g. the scalar 0). 
 
12
%
 
13
%  flagSTAT: 
 
14
%      0 (Sample mean)
 
15
%      1 (Sample median)
 
16
%      2 (Student T, DEFAULT)
 
17
%      3 (Laplace T)
 
18
%      4 (Tukey T)
 
19
%      5 (Sign statistic)
 
20
%      6 (Wilcoxon signed rank statistic)
 
21
%      7 (Empirical T)
 
22
%      8 (Empirical median-based T, aka sign statistic)
 
23
%     10 (MFX corrected mean)
 
24
%     11 (MFX corrected median) 
 
25
%     12 (MFX corrected Student T)
 
26
%     17 (MFX corrected empirical T) 
 
27
%     18 (MFX corrected sign statistic) 
 
28
%
 
29
%  BASE: tested baseline value (DEFAULT = 0) 
 
30
%
 
31
%  NSIMU: number of sign permutations / bootstraps (DEFAULT = 1024). 
 
32
%  For permutations, when this number is 2^Nsubjects (or higher), 
 
33
%  all possible permutations are generated. 
 
34
%
 
35
% MAGIC < 0    ==> randomize permutations
 
36
% MAGIC >= 0   ==> produce deterministic permutations in the range [magic, magic+nsimu[
 
37
%
 
38
% NITER: maximal iteration number of (Gaussian) EM algorithm used to identify
 
39
% parameters in MFX analyses
 
40
%
 
41
%  T: returned vector of statistics  
 
42
% 
 
43
 
 
44
%  Copyright (C) 2006 Alexis Roche
 
45
%  $Revision: 1.6 $Date: 2006/07/27 $
 
46
 
 
47
error(sprintf('Missing MEX-file: %s', mfilename));
 
48
%magic < 0    ==> randomize permutations
 
49
%magic >= 0   ==> produce deterministic permutations in the range [magic, magic+nsimu[