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~siesta-sip/siesta/sip-solver

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Viewing changes to Util/Vibra/Docs/vibra.tex

  • Committer: Alberto Garcia
  • Date: 2015-06-22 09:32:02 UTC
  • Revision ID: albertog@icmab.es-20150622093202-enhjztqfku2e976q
Revert previous change affecting FA and FC files. FAC/FCC files.

* At revno 464, a change was introduced to output the constrained
  forces to the FA and FC files.  This had unintended consequences for
  some analysis tools.

  The change has been reverted, and the FC/FA files are now created as
  before. In addition, if constraints are used, new FCC/FAC files
  will be created with the constrained forces.

  The vibra utility will default to use the FCC files if the
  GeometryConstraints block exists, and in any case the
  force-constants file to use can be specified with the Vibra.FC fdf
  option.

  To support these changes, the write_forces subroutine has now 
  the geometry step as an additional argument.

  The writing of forces has been moved to its appropriate place in the
  write_subs modules.

* Some more cosmetic changes in the Vibra package.

modified:
  Docs/siesta.tex
  Src/Makefile
  Src/iofa.f
  Src/ofc.f
  Src/siesta_analysis.F
  Src/siesta_forces.F
  Src/state_analysis.F
  Src/write_subs.F
  Util/Vibra/Docs/CHANGES
  Util/Vibra/Docs/vibra.tex
  Util/Vibra/Examples/README
  Util/Vibra/Examples/si54.bands
  Util/Vibra/Examples/si54.fdf
  Util/Vibra/Src/Makefile
  Util/Vibra/Src/fcbuild.f
  Util/Vibra/Src/recoor.f
  Util/Vibra/Src/vibra.f

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Util/Vibra/Docs/vibra.tex
78
78
by means of your favourite total energies and forces (TEF)
79
79
program (typically SIESTA).
80
80
\item
81
 
VIBRATOR:  Reads the force constants calculated
 
81
VIBRA:  Reads the force constants calculated
82
82
by your favourite total energies and forces
83
83
program (typically SIESTA), and computes the phonon spectrum.
84
84
\end{itemize}
142
142
 
143
143
\noindent
144
144
Once the force constants are calculated, you can use
145
 
the VIBRATOR program to build the dynamical matrix
 
145
the VIBRA program to build the dynamical matrix
146
146
from the force constants, diagonalize it, and obtain
147
147
the phonon frequencies and eigenmodes.
148
148
 
183
183
to be read directly by your favourite TEF
184
184
program (like SIESTA). 
185
185
 
186
 
\item[{\bf VIBRATOR}]:
 
186
\item[{\bf VIBRA}]:
187
187
 
188
188
\noindent
189
189
This program reads the Supercell information (the same
190
190
input as fcbuild), and the force constants matrix
191
191
generated by your favourite TEF
192
192
program (typically SIESTA). With this information,
193
 
vibrator computes the phonon spectrum.
 
193
vibra computes the phonon spectrum.
194
194
 
195
195
\noindent
196
196
The code allows to calculate phonon dispersion relations
248
248
Please, refer to documentation in the top Src/fdf for details.
249
249
 
250
250
\noindent
251
 
The two programs in the VIBRA package (FCBUILD and VIBRATOR)
 
251
The two programs in the VIBRA package (FCBUILD and VIBRA)
252
252
share the same FDF input file. 
253
253
Here follows a description of the variables that you can
254
254
define in this file, with their data types and
272
272
 
273
273
{\it Default value:} vibra
274
274
 
 
275
\item[{\bf Vibra.FC}] ({\it filename}): 
 
276
A filename for the force-constant matrix.
 
277
 
 
278
{\it Default value:} \textbf{SystemLabel.FC}
 
279
 
275
280
\item[{\bf NumberOfAtoms}] ({\it integer}):
276
281
 Number of atoms in the unit cell.
277
282
{\it Default value:} There is no default. You must supply this variable.
278
283
 
279
 
 
280
 
 
281
284
\item[{\bf LatticeConstant}] ({\it real length}): Lattice constant
282
285
of the unit cell.
283
286
This is just to define the scale of the lattice vectors.
429
432
\subsection{The Force Constants File}
430
433
 
431
434
\noindent
432
 
This file is needed to run VIBRATOR (it is not required for
 
435
This file is needed to run VIBRA (it is not required for
433
436
FCBUILD).  
434
437
 
435
438
\noindent
448
451
 
449
452
\section{OUTPUT FILES}
450
453
 
451
 
The following are output files for FCBUILD and VIBRATOR:
 
454
The following are output files for FCBUILD and VIBRA:
452
455
 
453
456
\subsection{Standard output}
454
457
Information on the program execution is dumped to the standard
457
460
 
458
461
\subsection{Used parameters}
459
462
The file {\it out.fdf} contains all the parameters used by FCBUILD
460
 
or VIBRATOR
 
463
or VIBRA
461
464
in a given run, both those specified in the input fdf file and
462
465
those taken by default. They are written in fdf format, so that
463
466
you may reuse them as input directly. Input data blocks are 
513
516
\subsection{Phonon Frequencies}
514
517
(file SystemLabel.bands) 
515
518
This is the main output file
516
 
of VIBRATOR. It contains the mode frequencies (in cm-1) for each k-point.
 
519
of VIBRA. It contains the mode frequencies (in cm-1) for each k-point.
517
520
The format of this file is the same as the band output in SIESTA
518
521
(so there have been included some extra lines for compatibility)
519
522