Fix update-one-germinate to hopefully not fail going forward.
  
We try to avoid issues with rdepends/ALL by rsyncing it first before
patching with diff, but the contents of the *targets* of the symlinks under
rdepends/ALL may have changed; in which case patching still fails.  So if
we instead use filterdiff to exclude rdepends/ALL at the diff/patch stage,
hopefully this will avoid the latter problem.