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Viewing changes to sequin/macro.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-12-17 19:45:48 UTC
  • mfrom: (1.1.9 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20081217194548-s86rrujnezfxr1pv
Tags: 6.1.20081116a-2
* debian/control: per Lintian's advice, depend on ${misc:Depends} across
  the board, in case Debhelper ever populates it.
* debian/{control,rules}: split newly added large BLAST databases into a
  new ncbi-rrna-data package to keep ncbi-data to a reasonable size.

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removed removed

Lines of Context:
sequin/macro.asn
1
 
--$Revision: 1.13 $
 
1
--$Revision: 1.44 $
2
2
--**********************************************************************
3
3
--
4
4
--  NCBI ASN.1 macro editing language specifications
38
38
    nuc (1) ,
39
39
    prot (2) }
40
40
 
 
41
Partial-constraint ::= ENUMERATED {
 
42
    either (0) ,
 
43
    partial (1) ,
 
44
    complete (2) }
 
45
 
41
46
Location-constraint ::= SEQUENCE {
42
47
    strand Strand-constraint DEFAULT any ,
43
 
    seq-type Seqtype-constraint DEFAULT any }
 
48
    seq-type Seqtype-constraint DEFAULT any ,
 
49
    partial5 Partial-constraint DEFAULT either ,
 
50
    partial3 Partial-constraint DEFAULT either }
44
51
 
45
52
Object-type-constraint ::= ENUMERATED {
46
53
    any (0) ,
102
109
    protein-bind (48) ,
103
110
    rbs (49) ,
104
111
    repeat-region (50) ,
105
 
    repeat-unit (51) ,
106
 
    rep-origin (52) ,
107
 
    s-region (53) ,
108
 
    satellite (54) ,
109
 
    sig-peptide (55) ,
110
 
    source (56) ,
111
 
    stem-loop (57) ,
112
 
    sts (58) ,
113
 
    tata-signal (59) ,
114
 
    terminator (60) ,
115
 
    transit-peptide (61) ,
116
 
    unsure (62) ,
117
 
    v-region (63) ,
118
 
    v-segment (64) ,
119
 
    variation (65) ,
120
 
    virion (66) ,
121
 
    n3clip (67) ,
122
 
    n3UTR (68) ,
123
 
    n5clip (69) ,
124
 
    n5UTR (70) ,
125
 
    n10-signal (71) ,
126
 
    n35-signal (72) ,
127
 
    site-ref (73) ,
128
 
    region (74) ,
129
 
    comment (75) ,
130
 
    bond (76) ,
131
 
    site (77) ,
132
 
    rsite (78) ,
133
 
    user (79) ,
134
 
    txinit (80) ,
135
 
    num (81) ,
136
 
    psec-str (82) ,
137
 
    non-std-residue (83) ,
138
 
    het (84) ,
139
 
    biosrc (85) ,
140
 
    preprotein (86) ,
141
 
    mat-peptide-aa (87) ,
142
 
    sig-peptide-aa (88) ,
143
 
    transit-peptide-aa (89) ,
144
 
    snoRNA (90) ,
145
 
    gap (91) ,
146
 
    operon (92) ,
147
 
    oriT (93) ,
148
 
    ncRNA (94) ,
149
 
    tmRNA (95) }
 
112
    rep-origin (51) ,
 
113
    s-region (52) ,
 
114
    sig-peptide (53) ,
 
115
    source (54) ,
 
116
    stem-loop (55) ,
 
117
    sts (56) ,
 
118
    tata-signal (57) ,
 
119
    terminator (58) ,
 
120
    transit-peptide (59) ,
 
121
    unsure (60) ,
 
122
    v-region (61) ,
 
123
    v-segment (62) ,
 
124
    variation (63) ,
 
125
    virion (64) ,
 
126
    n3clip (65) ,
 
127
    n3UTR (66) ,
 
128
    n5clip (67) ,
 
129
    n5UTR (68) ,
 
130
    n10-signal (69) ,
 
131
    n35-signal (70) ,
 
132
    site-ref (71) ,
 
133
    region (72) ,
 
134
    comment (73) ,
 
135
    bond (74) ,
 
136
    site (75) ,
 
137
    rsite (76) ,
 
138
    user (77) ,
 
139
    txinit (78) ,
 
140
    num (79) ,
 
141
    psec-str (80) ,
 
142
    non-std-residue (81) ,
 
143
    het (82) ,
 
144
    biosrc (83) ,
 
145
    preprotein (84) ,
 
146
    mat-peptide-aa (85) ,
 
147
    sig-peptide-aa (86) ,
 
148
    transit-peptide-aa (87) ,
 
149
    snoRNA (88) ,
 
150
    gap (89) ,
 
151
    operon (90) ,
 
152
    oriT (91) ,
 
153
    ncRNA (92) ,
 
154
    tmRNA (93) }
150
155
 
151
156
Feat-qual-legal ::= ENUMERATED {
152
157
    allele (1) ,
209
214
    translation (58) ,
210
215
    transl-except (59) ,
211
216
    transl-table (60) ,
212
 
    usedin (61) }
 
217
    usedin (61),
 
218
    mobile-element-type (62),
 
219
    mobile-element-name (63),
 
220
    gene-comment (64) ,
 
221
    satellite (65) ,
 
222
    satellite-type (66) ,
 
223
    satellite-name (67) }
213
224
 
214
225
Feat-qual-legal-val ::= SEQUENCE {
215
226
    qual Feat-qual-legal ,
237
248
    field-from Feat-qual-choice ,
238
249
    field-to Feat-qual-choice }
239
250
 
 
251
Rna-feat-type ::= CHOICE {
 
252
    preRNA NULL ,
 
253
    mRNA NULL ,
 
254
    tRNA NULL ,
 
255
    rRNA NULL ,
 
256
    ncRNA VisibleString ,
 
257
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258
    miscRNA NULL }
 
259
 
 
260
Rna-field ::= ENUMERATED {
 
261
    product (1) ,
 
262
    comment (2) ,
 
263
    codons-recognized (3) ,
 
264
    ncrna-class (4) ,
 
265
    anticodon (5) ,
 
266
    transcript-id (6) ,
 
267
    gene-locus (7) ,
 
268
    gene-description (8) ,
 
269
    gene-maploc (9) ,
 
270
    gene-locus-tag (10) ,
 
271
    gene-synonym (11) ,
 
272
    gene-comment (12) }
 
273
    
 
274
 
 
275
Rna-qual ::= SEQUENCE {
 
276
    type Rna-feat-type ,
 
277
    field Rna-field }    
 
278
 
 
279
Rna-qual-pair ::= SEQUENCE {
 
280
    type Rna-feat-type ,
 
281
    field-from Rna-field ,
 
282
    field-to Rna-field }
 
283
 
240
284
Source-qual ::= ENUMERATED {
241
285
    acronym (1) ,
242
286
    anamorph (2) ,
318
362
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319
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    transposon-name (79) ,
320
364
    type (80) ,
321
 
    variety (81) }
 
365
    variety (81) ,
 
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    specimen-voucher-INST (82) ,
 
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    specimen-voucher-COLL (83) ,
 
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    specimen-voucher-SpecID (84) ,
 
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    culture-collection-INST (85) ,
 
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371
    culture-collection-SpecID (87) ,
 
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    bio-material-INST (88) ,
 
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    bio-material-COLL (89) ,
 
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    bio-material-SpecID (90),
 
375
    all-notes (91),
 
376
    mating-type (92),
 
377
    linkage-group (93) ,
 
378
    haplogroup (94),
 
379
    all-quals (95)
 
380
}
322
381
 
323
382
Source-qual-pair ::= SEQUENCE {
324
383
    field-from Source-qual ,
385
444
    mat-peptide-description (18) ,
386
445
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387
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    mat-peptide-activity (20) ,
388
 
    mat-peptide-comment (21) }
 
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    mat-peptide-comment (21) ,
 
448
    cds-inference (22) ,
 
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    gene-inference (23) ,
 
450
    codon-start (24) }
389
451
 
390
452
CDSGeneProt-field-pair ::= SEQUENCE {
391
453
    field-from CDSGeneProt-field ,
398
460
  mRNA (3) ,
399
461
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400
462
  tRNA (5) ,
401
 
  snRNA (6) ,
402
 
  scRNA (7) ,
403
 
  genomic-mRNA (8) ,
404
 
  cRNA (9) ,
405
 
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406
 
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407
 
  ncRNA (12) ,
408
 
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409
 
  other (14) }
 
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464
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  transcribed-RNA (8) ,
 
466
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467
  transfer-messenger-RNA (10) ,
 
468
  other (11) }
410
469
 
411
470
Technique-type ::= ENUMERATED {
412
471
  unknown (0) , 
508
567
    mol-class Molinfo-mol-class-pair ,
509
568
    topology Molinfo-topology-pair ,
510
569
    strand Molinfo-strand-pair }
511
 
   
512
 
    
 
570
 
 
571
Molinfo-field-list ::= SET OF Molinfo-field
 
572
 
 
573
-- publication fields --
 
574
 
 
575
Publication-field ::=  ENUMERATED {
 
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    cit (1) ,
 
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    authors (2) ,
 
578
    journal (3) ,
 
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    volume (4) ,
 
580
    issue (5) ,
 
581
    pages (6) ,
 
582
    date (7) ,
 
583
    serial-number (8) ,
 
584
    title (9) ,
 
585
    affiliation (10) ,
 
586
    affil-div (11) ,
 
587
    affil-city (12) ,
 
588
    affil-sub (13) ,
 
589
    affil-country (14) ,
 
590
    affil-street (15) ,
 
591
    affil-email (16) ,
 
592
    affil-fax (17) ,
 
593
    affil-phone (18) ,
 
594
    affil-zipcode (19),
 
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    authors-initials (20)
 
596
    }
 
597
  
 
598
-- structured comment fields --
 
599
 
 
600
Structured-comment-field ::= CHOICE {
 
601
  database NULL ,
 
602
  named VisibleString ,
 
603
  field-name NULL
 
604
  }
 
605
 
 
606
Structured-comment-field-pair ::= SEQUENCE {
 
607
  from Structured-comment-field ,
 
608
  to Structured-comment-field
 
609
  }
 
610
  
 
611
-- misc fields --
 
612
-- these would not appear in pairs --
 
613
Misc-field ::= ENUMERATED {
 
614
    genome-project-id (1)
 
615
    }
 
616
     
513
617
-- complex constraints --
514
618
 
 
619
Pub-type ::= ENUMERATED {
 
620
  any (0) ,
 
621
  published (1) ,
 
622
  unpublished (2) ,
 
623
  in-press (3) ,
 
624
  submitter-block (4) }
 
625
 
 
626
Pub-field-constraint ::= SEQUENCE {
 
627
  field Publication-field ,
 
628
  constraint String-constraint }
 
629
  
 
630
Publication-constraint ::= SEQUENCE {
 
631
  type Pub-type ,
 
632
  field Pub-field-constraint OPTIONAL }
 
633
 
515
634
Source-constraint ::= SEQUENCE {
516
635
  field1 Source-qual-choice OPTIONAL ,
517
636
  field2 Source-qual-choice OPTIONAL ,
537
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538
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  field2 CDSGeneProt-constraint-field OPTIONAL ,
539
658
  constraint String-constraint OPTIONAL }
540
 
  
 
659
 
 
660
Field-constraint ::= SEQUENCE {
 
661
  field Field-type ,
 
662
  string-constraint String-constraint }
 
663
 
541
664
Sequence-constraint-rnamol ::= ENUMERATED {
542
665
  any (0) ,
543
666
  genomic (1) ,
545
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  mRNA (3) ,
546
669
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547
670
  tRNA (5) ,
548
 
  snRNA (6) ,
549
 
  scRNA (7) ,
550
 
  genomic-mRNA (8) ,
551
 
  cRNA (9) ,
552
 
  snoRNA (10) ,
553
 
  transcribed-RNA (11) ,
554
 
  ncRNA (12) ,
555
 
  transfer-messenger-RNA (13) }
 
671
  genomic-mRNA (6) ,
 
672
  cRNA (7) ,
 
673
  transcribed-RNA (8) ,
 
674
  ncRNA (9) ,
 
675
  transfer-messenger-RNA (10) }
556
676
 
557
677
Sequence-constraint-mol-type-constraint ::= CHOICE {
558
678
  any NULL ,
569
689
Constraint-choice ::= CHOICE {
570
690
    string String-constraint ,
571
691
    location Location-constraint ,
572
 
    source Source-constraint,
 
692
    field  Field-constraint ,
 
693
    source Source-constraint ,
573
694
    cdsgeneprot-qual CDSGeneProt-qual-constraint ,
574
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    cdsgeneprot-pseudo CDSGeneProt-pseudo-constraint ,
575
 
    sequence Sequence-constraint }
 
696
    sequence Sequence-constraint ,
 
697
    pub Publication-constraint }
576
698
 
577
699
Constraint-choice-set ::= SET OF Constraint-choice
578
700
 
598
720
Field-type ::= CHOICE {
599
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    source-qual Source-qual-choice ,
600
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    feature-field Feature-field ,
 
723
    rna-field Rna-qual ,
601
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602
 
    molinfo-field Molinfo-field }
 
725
    molinfo-field Molinfo-field ,
 
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    pub Publication-field ,
 
727
    struc-comment-field Structured-comment-field ,
 
728
    misc Misc-field }
603
729
 
604
730
Field-pair-type ::= CHOICE {
605
731
    source-qual Source-qual-pair ,
606
732
    feature-field Feature-field-pair ,
 
733
    rna-field Rna-qual-pair ,
607
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608
 
    molinfo-field Molinfo-field-pair } 
 
735
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736
    struc-comment-field Structured-comment-field-pair } 
609
737
 
610
738
ExistingTextOption ::= ENUMERATED {
611
739
  replace-old (1) ,
617
745
  prefix-space (7) ,
618
746
  prefix-colon (8) ,
619
747
  prefix-none (9) ,
620
 
  leave-old (10) }
 
748
  leave-old (10) ,
 
749
  add-qual (11) }
621
750
 
622
751
 
623
752
Apply-action ::= SEQUENCE {
631
760
 
632
761
Convert-action ::= SEQUENCE {
633
762
    fields Field-pair-type ,
 
763
    strip-name BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
 
764
    keep-original BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
634
765
    existing-text ExistingTextOption }
635
766
 
636
767
Copy-action ::= SEQUENCE {
645
776
    portion Text-portion ,
646
777
    fields Field-pair-type ,
647
778
    remove-from-parsed BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
 
779
    remove-left BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
 
780
    remove-right BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
648
781
    existing-text ExistingTextOption }
649
782
 
650
783
Remove-action ::= SEQUENCE {
661
794
 
662
795
AECR-action ::= SEQUENCE {
663
796
    action Action-choice ,
 
797
    also-change-mrna BOOLEAN DEFAULT FALSE ,
664
798
    constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
665
799
 
666
800
Cap-change ::= ENUMERATED {
736
870
    type Feature-type ,
737
871
    constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
738
872
 
 
873
-- for convert features --
 
874
Convert-from-CDS-options ::= SEQUENCE {
 
875
  remove-mRNA BOOLEAN ,
 
876
  remove-gene BOOLEAN ,
 
877
  remove-transcript-id BOOLEAN }
 
878
 
 
879
Convert-feature-src-options ::= CHOICE { 
 
880
  cds Convert-from-CDS-options }
 
881
 
 
882
Bond-type ::= ENUMERATED {
 
883
  disulfide (1) ,
 
884
  thioester (2) ,
 
885
  crosslink (3) ,
 
886
  thioether (4) ,
 
887
  other (5) }
 
888
 
 
889
 
 
890
Site-type ::= ENUMERATED {
 
891
  active (1) ,
 
892
  binding (2) ,
 
893
  cleavage (3) ,
 
894
  inhibit (4) ,
 
895
  modified (5) ,
 
896
  glycosylation (6) ,
 
897
  myristoylation (7) ,
 
898
  mutagenized (8) ,
 
899
  metal-binding (9) ,
 
900
  phosphorylation (10) ,
 
901
  acetylation (11) ,
 
902
  amidation (12) ,
 
903
  methylation (13) ,
 
904
  hydroxylation (14) ,
 
905
  sulfatation (15) ,
 
906
  oxidative-deamination (16) ,
 
907
  pyrrolidone-carboxylic-acid (17) ,
 
908
  gamma-carboxyglutamic-acid (18) ,
 
909
  blocked (19) ,
 
910
  lipid-binding (20) ,
 
911
  np-binding (21) ,
 
912
  dna-binding (22) ,
 
913
  signal-peptide (23) ,
 
914
  transit-peptide (24) ,
 
915
  transmembrane-region (25) ,
 
916
  nitrosylation (26) ,
 
917
  other (27) }
 
918
 
 
919
-- other choice is to create protein sequences, skipping bad --
 
920
Region-type ::= SEQUENCE {
 
921
  create-nucleotide BOOLEAN } 
 
922
 
 
923
Convert-feature-dst-options ::= CHOICE {
 
924
  bond Bond-type ,
 
925
  site Site-type ,
 
926
  region Region-type ,
 
927
  ncrna-class VisibleString }
 
928
 
 
929
 
 
930
Convert-feature-action ::= SEQUENCE {
 
931
  type-from Feature-type ,
 
932
  type-to Feature-type ,
 
933
  src-options Convert-feature-src-options OPTIONAL ,
 
934
  dst-options Convert-feature-dst-options OPTIONAL ,
 
935
  leave-original BOOLEAN ,
 
936
  src-feat-constraint Constraint-choice-set OPTIONAL } 
 
937
 
 
938
 
739
939
Feature-location-strand-from ::= ENUMERATED {
740
940
  any (0) ,
741
941
  plus (1) ,
801
1001
  action Location-edit-type ,
802
1002
  constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
803
1003
 
 
1004
Molinfo-block ::= SEQUENCE {
 
1005
    to-list Molinfo-field-list  ,
 
1006
    from-list Molinfo-field-list OPTIONAL ,
 
1007
    constraint Constraint-choice-set OPTIONAL }
 
1008
 
804
1009
Macro-action-choice ::= CHOICE {
805
1010
  aecr AECR-action ,
806
1011
  parse Parse-action ,
807
1012
  add-feature Apply-feature-action ,
808
1013
  remove-feature Remove-feature-action ,
 
1014
  convert-feature Convert-feature-action ,
809
1015
  edit-location Edit-feature-location-action }
810
1016
 
811
1017