← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/breezy/ncbi-tools6/breezy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to asn/medline.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2002-04-04 22:13:09 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020404221309-vfze028rfnlrldct
Tags: upstream-6.1.20011220a
Import upstream version 6.1.20011220a

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
asn/medline.asn
 
1
--$Revision: 6.0 $
 
2
--**********************************************************************
 
3
--
 
4
--  MEDLINE data definitions
 
5
--  James Ostell, 1990
 
6
--
 
7
--  enhanced in 1996 to support PubMed records as well by simply adding
 
8
--    the PubMedId and making MedlineId optional
 
9
--
 
10
--**********************************************************************
 
11
 
 
12
NCBI-Medline DEFINITIONS ::=
 
13
BEGIN
 
14
 
 
15
EXPORTS Medline-entry, Medline-si;
 
16
 
 
17
IMPORTS Cit-art, PubMedId FROM NCBI-Biblio
 
18
        Date FROM NCBI-General;
 
19
 
 
20
                                -- a MEDLINE or PubMed entry
 
21
Medline-entry ::= SEQUENCE {
 
22
    uid INTEGER OPTIONAL ,      -- MEDLINE UID, sometimes not yet available if from PubMed
 
23
    em Date ,                   -- Entry Month
 
24
    cit Cit-art ,               -- article citation
 
25
    abstract VisibleString OPTIONAL ,
 
26
    mesh SET OF Medline-mesh OPTIONAL ,
 
27
    substance SET OF Medline-rn OPTIONAL ,
 
28
    xref SET OF Medline-si OPTIONAL ,
 
29
    idnum SET OF VisibleString OPTIONAL ,  -- ID Number (grants, contracts)
 
30
    gene SET OF VisibleString OPTIONAL ,
 
31
    pmid PubMedId OPTIONAL ,               -- MEDLINE records may include the PubMedId
 
32
    pub-type SET OF VisibleString OPTIONAL, -- may show publication types (review, etc)
 
33
    mlfield SET OF Medline-field OPTIONAL ,  -- additional Medline field types
 
34
    status INTEGER {
 
35
        publisher (1) ,      -- record as supplied by publisher
 
36
        premedline (2) ,     -- premedline record
 
37
        medline (3) } DEFAULT medline }  -- regular medline record
 
38
 
 
39
Medline-mesh ::= SEQUENCE {
 
40
    mp BOOLEAN DEFAULT FALSE ,       -- TRUE if main point (*)
 
41
    term VisibleString ,                   -- the MeSH term
 
42
    qual SET OF Medline-qual OPTIONAL }    -- qualifiers
 
43
 
 
44
Medline-qual ::= SEQUENCE {
 
45
    mp BOOLEAN DEFAULT FALSE ,       -- TRUE if main point
 
46
    subh VisibleString }             -- the subheading
 
47
 
 
48
Medline-rn ::= SEQUENCE {       -- medline substance records
 
49
    type ENUMERATED {           -- type of record
 
50
        nameonly (0) ,
 
51
        cas (1) ,               -- CAS number
 
52
        ec (2) } ,              -- EC number
 
53
    cit VisibleString OPTIONAL ,  -- CAS or EC number if present
 
54
    name VisibleString }          -- name (always present)
 
55
 
 
56
Medline-si ::= SEQUENCE {       -- medline cross reference records
 
57
    type ENUMERATED {           -- type of xref
 
58
        ddbj (1) ,              -- DNA Data Bank of Japan
 
59
        carbbank (2) ,          -- Carbohydrate Structure Database
 
60
        embl (3) ,              -- EMBL Data Library
 
61
        hdb (4) ,               -- Hybridoma Data Bank
 
62
        genbank (5) ,           -- GenBank
 
63
        hgml (6) ,              -- Human Gene Map Library
 
64
        mim (7) ,               -- Mendelian Inheritance in Man
 
65
        msd (8) ,               -- Microbial Strains Database
 
66
        pdb (9) ,               -- Protein Data Bank (Brookhaven)
 
67
        pir (10) ,              -- Protein Identification Resource
 
68
        prfseqdb (11) ,         -- Protein Research Foundation (Japan)
 
69
        psd (12) ,              -- Protein Sequence Database (Japan)
 
70
        swissprot (13) ,        -- SwissProt
 
71
        gdb (14) } ,            -- Genome Data Base
 
72
    cit VisibleString OPTIONAL }    -- the citation/accession number
 
73
 
 
74
Medline-field ::= SEQUENCE {
 
75
    type INTEGER {              -- Keyed type
 
76
        other (0) ,             -- look in line code
 
77
        comment (1) ,           -- comment line
 
78
        erratum (2) } ,         -- retracted, corrected, etc
 
79
    str VisibleString ,         -- the text
 
80
    ids SEQUENCE OF DocRef OPTIONAL }  -- pointers relevant to this text
 
81
 
 
82
DocRef ::= SEQUENCE {           -- reference to a document
 
83
    type INTEGER {
 
84
        medline (1) ,
 
85
        pubmed (2) ,
 
86
        ncbigi (3) } ,
 
87
    uid INTEGER }
 
88
 
 
89
END
 
90