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Viewing changes to algo/blast/core/phi_extend.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2006-01-12 18:50:27 UTC
  • mfrom: (1.1.4 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060112185027-88f9xtb35uekr1v7
Tags: 6.1.20051206-1
* New upstream release.
* Temporarily switch to pmake (added to Build-Depends) for upstream's
  makefiles, as GNU make 3.81.b4 gets mysteriously confused when trying
  to build from them (but, oddly, only when invoked from debian/rules).
* Add "new" blastall_old executable to the blast2 package.
* Reshuffle documents slightly, and make sure to register all top-level
  HTML documents with doc-base.
* Loosen libncbi6's dependency on ncbi-data to accommodate binary-only
  NMUs.

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Lines of Context:
algo/blast/core/phi_extend.h
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/* $Id: phi_extend.h,v 1.8 2005/04/27 19:50:31 dondosha Exp $
 
1
/* $Id: phi_extend.h,v 1.11 2005/11/16 14:31:37 madden Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
6
6
 *
7
7
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
8
8
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
9
 
 *  the author's offical duties as a United States Government employee and
 
9
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
10
10
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
11
11
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
12
12
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
41
41
extern "C" {
42
42
#endif
43
43
 
44
 
/** WordFinder type function for PHI BLAST. */
 
44
/** WordFinder type function for PHI BLAST.
 
45
 * @param subject Subject sequence [in]
 
46
 * @param query Query sequence [in]
 
47
 * @param lookup_wrap Wrapper for the lookup table with pattern information [in]
 
48
 * @param matrix Scoring matrix (not used) 
 
49
 * @param word_params Initial word parameters (not used)
 
50
 * @param ewp Word extension structure (not used)
 
51
 * @param offset_pairs Allocated array of offset pairs for storing subject 
 
52
 *                     pattern hits in  [in] [out]
 
53
 * @param max_hits Maximal number of hits allowed in the offset_pairs 
 
54
 *                 array. Not used - array is always allocated to fit all 
 
55
 *                 pattern hits.
 
56
 * @param init_hitlist Structure for saving initial hits. [in]
 
57
 * @param ungapped_stats Structure for saving hit counts [in] [out]
 
58
 * @return always zero
 
59
 */
45
60
Int2 PHIBlastWordFinder(BLAST_SequenceBlk* subject, 
46
61
        BLAST_SequenceBlk* query, LookupTableWrap* lookup_wrap,
47
62
        Int4** matrix, const BlastInitialWordParameters* word_params,